结论：上了两年班中途请了三个月假，年休假不一定会被取消，具体是否取消年休假需根据请假性质、公司规章制度以及相关法律法规综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

从请假性质角度分析

• 如果是符合规定的带薪年休假、病假、婚假、产假、丧假等法定假期：
  • 这些假期是法律赋予劳动者的权利，劳动者依法享受这些假期期间，用人单位应正常支付工资，且不影响劳动者后续享受年休假。例如，你请了三个月的病假，只要病假手续齐全、符合公司规定和法律规定，这三个月病假不会导致你已工作两年所应享受的年休假被取消。根据《企业职工带薪年休假实施办法》规定，职工依法享受的探亲假、婚丧假、产假等国家规定的假期以及因工伤停工留薪期间不计入年休假假期。
  • 如果是事假：
    • 事假通常是无薪假期，用人单位有权根据自身生产经营情况和规章制度来决定是否批准事假以及事假对年休假的影响。如果公司规章制度中明确规定请事假达到一定天数会取消当年年休假，且该规章制度经过民主程序制定并已向劳动者公示，那么在你请了三个月事假的情况下，公司可能会依据规定取消你当年的年休假。但如果公司规章制度没有相关规定，或者规定不合理，那么公司不能随意取消你的年休假。

从公司规章制度角度分析

• 规章制度有明确规定且合法合理：
  • 若公司规章制度明确规定了请假的天数与年休假的关系，例如规定一年内请事假累计超过一定天数（如 20 天）就取消当年年休假，并且该规章制度是通过民主程序制定（如经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定），已经向劳动者公示（如在公司内部公告栏张贴、通过电子邮件发送给员工等），那么公司可以按照规章制度执行，取消你当年的年休假。
  • 规章制度无相关规定或规定违法：
    • 如果公司规章制度中没有关于请假与年休假关系的规定，或者规定违反了法律法规的强制性规定（如规定只要请假就取消年休假，这明显不合理且侵犯了劳动者的合法权益），那么公司不能依据该规章制度取消你的年休假。在这种情况下，你依然有权按照法律规定享受相应的年休假。

从相关法律法规角度分析

根据《职工带薪年休假条例》规定，机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作 1 年以上的，享受带薪年休假（以下简称年休假）。单位应当保证职工享受年休假。职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。职工累计工作已满 1 年不满 10 年的，年休假 5 天；已满 10 年不满 20 年的，年休假 10 天；已满 20 年的，年休假 15 天。国家法定休假日、休息日不计入年休假的假期。

也就是说，只要符合连续工作 1 年以上的条件，你就享有相应的年休假权利，公司不能随意剥夺。如果公司以你请假三个月为由取消年休假，你可以先与公司协商沟通，要求公司说明取消年休假的依据。如果协商不成，你可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

如果你还有其他关于劳动工伤（工资福利）方面的问题，比如年休假工资计算、请假期间工资发放等，都可以直接向我咨询。