结论：休三个月假后，第二年是否还有年假，主要取决于您休假的性质以及您的工作年限和公司的具体规定。一般来说，如果休假不影响您连续工作的年限计算，且您满足享受年假的条件，那么第二年您仍然有年假。
详细分析：
年假的享受条件：
- 根据《职工带薪年休假条例》第二条，职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假。这意味着，只要您在单位连续工作满一年，就有资格享受年假。
- 年假的天数根据您累计的工作年限来确定，如第三条所述，累计工作已满1年不满10年的，年休假5天；已满10年不满20年的，年休假10天；已满20年的，年休假15天。
休假性质对年假的影响：
- 如果您休的三个月假是病假、事假或其他非带薪休假，且这些休假没有导致您连续工作年限的中断，那么这些休假通常不会影响您第二年享受年假的资格。
- 但是，如果您休的是带薪休假（如产假、陪产假等），且这些休假已经包含了年假的天数，或者休假期间单位已经按照相关规定支付了年假工资，那么您在第二年可能就无法再享受额外的年假了。不过，这种情况较为特殊，需要具体查看您所在单位的规章制度和劳动合同中的约定。
公司规定的影响：
- 除了法律法规的规定外，您所在单位的具体规章制度也会对年假的享受产生影响。有些单位可能规定，员工在特定情况下（如长期休假后）需要重新计算连续工作年限，或者对年假的享受有其他限制性条件。
- 因此，在判断您第二年是否还有年假时，除了考虑法律法规的规定外，还需要仔细查看您所在单位的规章制度和劳动合同中的相关条款。
建议：
- 如果您对年假的享受有疑问或不确定，建议您首先查阅您所在单位的规章制度和劳动合同中的相关条款，了解单位对年假的具体规定。
- 如果您认为单位的规定与法律法规相悖，或者单位在年假的享受上存在不公平、不合理的做法，您可以向单位的人力资源部门或相关负责人提出咨询或申诉。
- 在任何情况下，都建议您保留好与年假相关的证据和文件，如休假申请、审批记录、工资单等，以便在需要时维护自己的合法权益。
特殊情况说明：
- 如果您因工作需要不能在当年休完年假，且经单位同意跨年度安排年休假，那么您可以在下一年度享受剩余的年假天数。但这种情况需要单位与您协商一致，并明确记录在相关文件或劳动合同中。
- 如果您离职时当年未休满年假，单位应按照您已工作时间折算应休未休的年假天数，并支付相应的工资报酬。这是根据《职工带薪年休假条例》第五条的规定来执行的。
总之，休三个月假后第二年是否还有年假，需要综合考虑多种因素。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。