针对您提出的“公司证书不让转出来怎么办”的问题，这通常涉及到证书注册、劳动关系解除以及相关手续办理等多个环节。以下是我根据相关法律法规和实际操作流程，为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，根据《注册建造师执业管理办法》(建市[2008]48号)第十九条的规定，如果您想要注销注册或转移您的证书（以二级建造师证为例），您需要提供与原聘用企业解除劳动关系的有效证明材料。这是办理相关手续的前提和基础。
如果公司不同意出具解聘、离职证明：
向劳动仲裁部门或法院申诉：
- 您应尽快向当地的劳动仲裁部门或法院提出申诉，要求解除与原聘用企业的劳动关系。
- 劳动仲裁部门或法院在受理您的申诉后，会进行调查和审理，并最终出具解除劳动关系的证明材料。
维护自身权益：
- 在申诉过程中，您应积极提供相关证据，如劳动合同、工资单、工作记录等，以证明您与原聘用企业之间的劳动关系以及公司的不当行为。
- 同时，您也可以咨询专业律师，以获取更专业的法律建议和帮助。
如果与原聘用企业解除劳动关系后，公司仍不予配合办理证书相关手续：
准备申诉材料：
- 您需要准备一份详细的申请报告，报告中应注明您的注册经历、与企业的纠纷情况，并在报告落款处亲笔签字并按手印。
- 同时，您还需要提供上述解除劳动关系的有效证明材料的原件和复印件。
向省注册中心注册科进行申诉：
- 您可以将准备好的申诉材料提交给省注册中心注册科（具体地址和联系电话可能因地区而异，您需要查询当地的相关信息）。
- 注册科在收到您的申诉材料后，会进行审核和处理，并最终给出处理结果。
额外建议：
- 在整个过程中，您应保持与公司的沟通，尽量通过协商解决问题，以避免不必要的法律纠纷。
- 如果公司存在违法行为或不当行为，您也可以向相关部门进行举报或投诉，以维护自己的合法权益。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您在办理过程中遇到任何问题或需要进一步的帮助，请随时咨询相关部门或专业人士。