编制和人事关系不在一个单位，这种情况在法律上是合法的，但具体合法性及操作方式需根据实际情况和相关规定来判断。以下从几个角度进行详细分析：
编制与人事关系的基本概念：
- 编制通常指的是单位根据工作需要和编制标准，经有关部门批准设立的岗位数量和人员结构。它主要体现了单位的人员配置和预算管理。
- 人事关系则是指个人与单位之间因工作而形成的权利义务关系，包括聘用、薪酬、考核、晋升等方面。
编制与人事关系分离的情况：
- 在一些特殊情况下，如跨单位合作、项目制工作、借调等，个人的编制可能属于一个单位，而人事关系（如工资发放、日常管理等）则可能由另一个单位负责。
- 例如，在事业单位中，有时为了完成特定任务或项目，会从不同单位抽调人员组成临时团队，这些人员的编制可能仍在原单位，但人事关系（如工作安排、考核等）则由项目承担单位负责。
合法性判断：
- 编制和人事关系不在一个单位，并不直接违反法律规定。关键在于这种安排是否符合相关法律法规和政策要求，以及是否得到了相关部门的批准和认可。
- 如果这种安排是基于合法合规的跨单位合作、项目制工作或借调等情形，并且得到了相关部门的批准和备案，那么它是合法的。
- 如果这种安排缺乏合法依据或未经相关部门批准，那么可能存在法律风险，如违反编制管理规定、人事管理规定等。
实际操作中的注意事项：
- 在进行编制和人事关系分离安排时，应确保符合相关法律法规和政策要求，避免违法违规行为。
- 应明确双方的权利义务关系，包括工资发放、社会保险缴纳、考核晋升等方面，以避免后续纠纷。
- 如果涉及跨单位合作或借调等情形，应签订相关协议或合同，明确双方的责任和义务。
可能涉及的法律后果：
- 如果编制和人事关系分离安排违法违规，可能面临相关部门的处罚和整改要求。
- 对于个人而言，可能影响其工资待遇、社会保险缴纳、职称评定等方面权益。
- 对于单位而言，可能面临管理混乱、法律风险增加等问题。
总结与建议：
编制和人事关系不在一个单位本身并不违法，但具体合法性需根据实际情况和相关规定来判断。在进行这种安排时，应确保符合相关法律法规和政策要求，明确双方的权利义务关系，并签订相关协议或合同以避免后续纠纷。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。