关于“一个单位两套人员编制是否合法”的问题，这主要涉及到机构设置和编制管理的相关法律法规。根据《地方各级人民政府机构设置和编制管理条例》的相关规定，我们可以进行以下详细分析：

首先，该条例明确规定了地方各级人民政府机构的设置、职责配置、编制核定以及对机构编制工作的监督管理等事项，旨在规范机构设置，加强编制管理，提高行政效能。

其次，条例中强调了机构编制管理应当遵循精简、统一、效能的原则，并且明确指出，依照国家规定的程序设置的机构和核定的编制，是录用、聘用、调配工作人员、配备领导成员和核拨经费的依据。这意味着，一个单位的编制是经过严格核定和审批的，不能随意增加或改变。

针对您提出的问题，一个单位如果存在两套人员编制，这很可能违反了编制管理的相关规定。因为编制的核定是基于单位的职责和任务，以及财政供养能力等因素综合考虑的，如果单位擅自增加编制或者存在两套编制，就可能导致人员配置不合理，财政供养负担加重，进而影响行政效能和公共服务的提供。

此外，条例中还明确规定了禁止擅自设置机构和增加编制，对擅自设置机构和增加编制的，不得核拨财政资金或者挪用其他资金安排其经费。这进一步强调了编制管理的严肃性和规范性。

因此，从法律法规的角度来看，一个单位两套人员编制是不合法的。如果单位存在这种情况，建议及时向相关部门进行反映和咨询，以便得到妥善的处理和解决。同时，单位自身也应该加强内部管理，严格遵守编制管理的相关规定，确保人员配置的合理性和财政供养的可持续性。