结论：患病员工在工厂调岗后仍无法工作，一般不应直接按旷工处理并扣除补偿，但具体处理方式需结合实际情况和相关法律规定来判断。
分析说明：
患病员工的权益保护：
- 根据《劳动合同法》及相关法律法规，患病员工享有医疗期，医疗期内用人单位不得解除劳动合同，且应支付病假工资或疾病救济费。
- 医疗期满后，如果员工仍不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的，用人单位可以提前三十日以书面形式通知员工本人或者额外支付员工一个月工资后，解除劳动合同，但需支付经济补偿。
调岗后的工作能力评估：
- 如果工厂在员工患病后进行了调岗，但员工仍因健康原因无法胜任新岗位的工作，这并不意味着员工可以随意旷工。员工应继续按照公司的规定履行请假手续，并提供相应的医疗证明。
- 工厂在评估员工的工作能力时，应充分考虑员工的健康状况，并遵循公平、合理的原则。如果工厂未经合理评估就单方面认定员工旷工，并据此扣除补偿或解除劳动合同，可能构成违法。
旷工的认定与处理：
- 旷工通常指员工无正当理由未到岗工作。在患病员工的情况下，如果员工因健康原因无法到岗，且已按照公司规定履行了请假手续，则不应被认定为旷工。
- 如果工厂错误地将患病员工的请假行为认定为旷工，并据此进行处罚或扣除补偿，员工有权向劳动争议调解仲裁机构或人民法院申请仲裁或提起诉讼，维护自己的合法权益。
特殊场景：
- 如果员工在医疗期满后，既不能从事原工作，也不能从事由工厂另行安排的工作，且拒绝接受工厂的合理调岗或培训，工厂在支付经济补偿的前提下，可以解除劳动合同。但这种情况下的解除与旷工无关，而是基于员工无法胜任工作的原因。
行动建议：
对于员工：
- 如果您因患病无法工作，应及时向工厂说明情况，并按照公司规定履行请假手续。
- 如果工厂对您进行了不合理的调岗或处罚，您可以与工厂协商解决，或向劳动争议调解仲裁机构申请仲裁。
对于工厂：
- 在处理患病员工的问题时，应充分了解员工的健康状况，并遵循相关法律法规的规定。
- 如果需要对员工进行调岗或解除劳动合同，应确保决策过程合法、合理，并充分保障员工的合法权益。
法律后果：
- 如果工厂错误地将患病员工的请假行为认定为旷工，并据此进行处罚或扣除补偿，可能面临劳动争议仲裁或诉讼的风险，并可能承担相应的法律责任。
- 员工如果因工厂的违法行为而遭受损失，有权要求工厂进行赔偿。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。