结论：在树被别人砍了且双方已经达成协议赔偿的情况下，一般而言，不能再就同一事实和理由立案要求赔偿，但存在例外情况。以下从不同角度进行分析：

一、一般情况：协议赔偿后通常不能再立案

1. 协议的法律效力：双方达成的赔偿协议，如果是在平等、自愿、公平的基础上签订的，且内容不违反法律法规的强制性规定，那么该协议具有法律效力。一旦协议生效，双方就应当按照协议的约定履行各自的义务。

2. 一事不再理原则：在民事诉讼中，遵循“一事不再理”的原则。这意味着，对于同一事实和理由，当事人不能重复起诉。如果双方已经就树的砍伐问题达成了赔偿协议，并且协议已经履行或正在履行，那么通常情况下，不能再就同一事实和理由向法院提起诉讼。

二、例外情况：存在法定事由时可再立案

1. 协议存在瑕疵：如果赔偿协议存在重大误解、显失公平、欺诈、胁迫等法定情形，导致协议无效或可撤销，那么受损方可以在法定期限内请求法院或仲裁机构变更或撤销协议，并重新就赔偿问题进行协商或诉讼。

2. 赔偿不足或未履行：如果协议约定的赔偿金额明显低于实际损失，或者赔偿义务人未按照协议约定履行赔偿义务，那么受损方可以在发现或应当发现这些情况之日起一定期限内，向法院提起诉讼，要求增加赔偿金额或强制履行赔偿义务。

3. 发现新的事实或证据：如果在协议签订后，受损方发现了新的事实或证据，这些事实或证据足以证明其之前的损失评估存在重大错误，或者赔偿义务人存在其他应承担赔偿责任的情形，那么受损方也可以向法院提起诉讼，要求重新评估损失并确定赔偿责任。

三、法律建议

1. 审查协议内容：如果你认为赔偿协议存在瑕疵或赔偿不足，建议先仔细审查协议内容，并咨询专业律师的意见，以确定是否存在法定事由可以撤销或变更协议。

2. 收集证据：如果你打算提起诉讼，那么需要收集相关证据来支持你的主张。这些证据可能包括树的砍伐现场照片、视频、证人证言、损失评估报告等。

3. 及时行动：如果你发现赔偿义务人未按照协议约定履行赔偿义务，或者存在其他应承担赔偿责任的情形，建议及时采取行动，以免超过法定的诉讼时效期间。

最后，虽然双方已经达成协议赔偿，但在特定情况下，你仍然有可能通过法律途径维护自己的权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。