结论：针对您提出的问题，劳动者提出辞职申请后公司长时间未回复，后续公司却以劳动者自己提出离职为由解除劳动关系，这种情况需要分情况讨论，具体如下：

1. 劳动者提前通知解除劳动合同的情况：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。
   • 如果劳动者已经按照法律规定提前通知了公司，并且通知方式符合要求（如书面形式），那么无论公司是否回复，劳动者在通知期满后都有权解除劳动合同。此时，公司不能以劳动者自己提出离职为由，单方面解除劳动关系而不承担相应责任。如果公司因此给劳动者造成损失的，劳动者有权要求公司赔偿。

2. 公司未回复的法律后果：

   • 公司未在合理时间内对劳动者的辞职申请进行回复，并不影响劳动者辞职申请的效力。劳动者在通知期满后，有权按照法律规定解除劳动合同。
   • 如果公司未回复且后续以劳动者自己提出离职为由解除劳动关系，这可能构成违法解除。劳动者有权要求公司继续履行劳动合同或者支付赔偿金。

3. 劳动者应如何应对：

   • 保留证据：劳动者应保留好辞职申请的书面证据，如邮件、短信、书面通知等，以证明自己已经按照法律规定提前通知了公司。
   • 与公司沟通：在通知期满后，劳动者可以与公司沟通，确认劳动关系是否已经解除，并要求公司出具解除劳动关系的证明。
   • 申请劳动仲裁：如果公司拒绝出具证明或者以违法方式解除劳动关系，劳动者可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

4. 可能的法律后果：

   • 如果劳动仲裁委员会认定公司违法解除劳动关系，公司可能需要支付赔偿金给劳动者。赔偿金的计算通常依据劳动者在公司的工作年限和工资水平来确定。
   • 此外，如果公司因此给劳动者造成其他损失的（如未及时支付工资、未缴纳社会保险等），劳动者也有权要求公司进行赔偿。

建议：针对您的情况，我建议您首先确认自己是否已经按照法律规定提前通知了公司，并保留好相关证据。然后，与公司进行沟通，确认劳动关系是否已经解除，并要求公司出具解除劳动关系的证明。如果公司拒绝或者以违法方式解除劳动关系，您可以及时向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。如果您在处理过程中遇到任何问题或者需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。