在行政复议机关只确认违法但不撤销的情况下，确定被告主要依据复议决定的具体性质以及原行政行为的作出主体，以下是具体分析：
复议机关改变原行政行为法律效力的情形：
- 如果复议机关在确认违法的同时，实际上改变了原行政行为的法律效力（例如，原行政行为是罚款决定，复议机关确认违法并撤销了该罚款决定，但表述上可能仅提及“确认违法”而未明确“撤销”的完整表述，但实质效果等同于撤销），那么根据《中华人民共和国行政诉讼法》第二十六条第二款的规定，“经复议的案件，复议机关决定维持原行政行为的，作出原行政行为的行政机关和复议机关是共同被告；复议机关改变原行政行为的，复议机关是被告”。在此情形下，若复议决定实质上改变了原行政行为，复议机关应作为被告。不过，严格从“只确认违法但不撤销”的表述看，此情形较为特殊，需结合复议决定的具体内容和实质效果判断。
复议机关维持原行政行为法律效力的情形：
- 若复议机关仅确认原行政行为违法，但未改变其法律效力（例如，原行政行为是限制某公民的权利，复议机关认为该行为违法但未撤销，导致原行为继续有效），这通常被视为复议机关对原行政行为的“维持”。根据《中华人民共和国行政诉讼法》第二十六条第二款，此时作出原行政行为的行政机关和复议机关是共同被告。
复议机关作为共同被告时的特殊情形：
- 在复议机关维持原行政行为的案件中，若原告只起诉作出原行政行为的行政机关或只起诉复议机关，人民法院应告知原告追加被告。若原告不同意追加，人民法院应将另一机关列为共同被告，以确保诉讼的全面性和公正性。
法律建议：
- 在面对此类情况时，建议首先仔细审查复议决定书的内容，明确复议机关的具体决定及其对原行政行为法律效力的影响。
- 若复议决定实质上改变了原行政行为，应以复议机关为被告提起诉讼；若复议决定维持了原行政行为，则应以作出原行政行为的行政机关和复议机关为共同被告。
- 在诉讼过程中，应充分准备证据，证明复议决定的具体性质及其对原行政行为法律效力的影响，以支持自己的诉讼请求。
可能遇到的法律后果：
- 若错误确定被告，可能导致诉讼程序受阻或诉讼结果不利。例如，若应以复议机关为被告而错误起诉了原行政机关，法院可能因被告不适格而驳回起诉。
- 因此，在确定被告时务必谨慎，必要时可咨询专业律师以获取更准确的法律意见。
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