当行政复议已经确认行政行为违法后，若该案件进一步进入法院审理阶段，法院的判决方式及后续处理会依据《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定来进行。以下是对此问题的详细解答：

一、法院可能的判决方式

1. 撤销或部分撤销：

   • 如果法院认为行政行为存在违反法定程序的情形，且这种违法情形严重到影响了行政行为的合法性，那么根据《行政诉讼法》第七十条，法院可以判决撤销或部分撤销该行政行为。这意味着违法的行政行为将失去法律效力，或者仅部分失去法律效力，需要行政机关重新作出合法的行政行为。

2. 确认违法但保留效力：

   • 在某些特殊情况下，虽然行政行为程序违法，但撤销该行为可能会给国家利益或社会公共利益造成重大损害。此时，根据《行政诉讼法》第七十四条第一款第（一）项，法院会判决确认该行政行为违法，但不撤销，即保留其法律效力。
   • 另外，如果行政行为程序轻微违法，但对原告的权利不产生实际影响，法院同样会确认违法但保留其效力。

3. 履行判决：

   • 如果行政行为程序违法导致行政机关未履行或拖延履行其法定职责，且这种不履行或拖延履行没有正当理由，法院可以根据《行政诉讼法》第七十二条判决行政机关在一定期限内履行其职责。

4. 赔偿判决：

   • 如果行政行为程序违法给原告造成了实际损失，根据《行政诉讼法》第七十六条，法院在判决确认违法或撤销行政行为的同时，可以判决行政机关承担赔偿责任。

二、法院判决后的后续处理

1. 重新作出行政行为：

   • 对于被撤销的行政行为，如果其失效是因为程序问题，那么行政机关需要在法定期限内重新依法作出行政行为，以确保行政管理的连续性和合法性。

2. 执行与监督：

   • 判决生效后，相关方需要按照判决内容执行。法院和上级行政机关会对执行情况进行监督，确保判决得到有效落实，维护法律的权威性和公正性。

3. 上诉与再审：

   • 如果当事人对一审判决不服，可以在法定期限内提起上诉，由上级法院进行二审。如果认为已生效的判决有误，还可以通过审判监督程序申请再审，以纠正可能的错误判决。

综上所述，当行政复议确认行政行为违法后，法院会根据具体情况作出相应的判决，并可能要求行政机关重新作出行政行为、承担赔偿责任或履行法定职责。同时，法院和上级行政机关会对判决的执行情况进行监督，确保法律的正确实施。