当法院判决原行政行为违法但不撤销时，对于复议行为，法院通常会判决确认复议决定违法，但同样不撤销该复议决定。以下是对此问题的详细分析：

一、法律原则与规定

在行政诉讼中，法院对行政行为的审查遵循合法性原则。当原行政行为被确认违法，但法院认为撤销该行为会给国家利益或社会公共利益造成重大损害，或者行政行为程序轻微违法但对原告权利不产生实际影响时，法院会判决确认行政行为违法，但不撤销该行为。这一原则同样适用于复议决定。

根据《中华人民共和国行政诉讼法》第七十四条的相关规定，行政行为有下列情形之一的，人民法院判决确认违法，但不撤销行政行为：

1. 行政行为依法应当撤销，但撤销会给国家利益、社会公共利益造成重大损害的；
2. 行政行为程序轻微违法，但对原告权利不产生实际影响的。

同时，对于复议决定，如果其是基于原违法的行政行为作出的维持决定，且原行政行为被确认违法但不撤销，那么复议决定也失去了其合法基础。然而，由于撤销复议决定可能同样会给国家利益或社会公共利益造成重大损害，或者复议决定程序轻微违法但对原告权利不产生实际影响，法院通常会判决确认复议决定违法，但不撤销该复议决定。

二、具体情形分析

1. 原行政行为违法但不撤销：

   • 这种情况下，原行政行为可能因涉及国家利益或社会公共利益而无法撤销。例如，某市政府为推动基础设施建设项目而进行的土地征收，虽存在程序违法，但撤销将导致项目停滞，严重影响城市交通和经济发展。
   • 法院会判决确认原行政行为违法，但要求行政机关采取补救措施或给予当事人经济补偿等，以维护法律公正和当事人权益。

2. 复议决定基于原违法行政行为：

   • 如果复议决定是基于原违法的行政行为作出的维持决定，那么当原行政行为被确认违法但不撤销时，复议决定也失去了其合法基础。
   • 然而，由于撤销复议决定可能同样会给国家利益或社会公共利益造成重大损害，或者复议决定程序轻微违法但对原告权利不产生实际影响，法院会判决确认复议决定违法，但不撤销该复议决定。

三、法律后果与建议

1. 对行政机关：

   • 行政机关需认识到自身行为的问题，并在今后加以改正，避免类似违法行为再次发生。
   • 若行政行为或复议决定给原告造成了损失，行政机关应依法给予赔偿。

2. 对相对人：

   • 相对人获得了司法机关对行政行为或复议决定违法性的认定，维护了其合法权益。
   • 如因该行政行为或复议决定遭受损失，可依据生效判决要求行政机关给予赔偿。

建议：在面对此类情况时，行政机关应积极配合法院的审查，并主动采取补救措施以减少损失。同时，相对人也可以依法要求行政机关给予赔偿或采取其他补救措施。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。