在行政复议确认违法的情况下，被告的确定需根据复议机关的具体决定来判定，具体分为以下两种情况：
复议机关改变原行政行为，确认其违法的
- 被告确定：此时，复议机关为被告。
- 法律依据：根据《中华人民共和国行政诉讼法》第二十六条第二款的规定，“经复议的案件，复议机关改变原行政行为的，复议机关是被告。”这里的“改变原行政行为”包括复议机关确认原行政行为违法，但需注意，若复议机关仅以违反法定程序为由确认原行政行为违法，而未改变其实体处理结果的，可能被视为维持原行政行为（具体需结合案件事实和复议决定内容判断）。不过，在大多数情况下，复议机关确认原行政行为违法，通常意味着对原行政行为的实体处理结果进行了否定性评价，因此应视为改变原行政行为。
- 实例说明：假设某市环保局对一家企业作出了罚款的行政处罚决定，企业不服该处罚决定，向市政府申请行政复议。市政府经过复议后，认为原处罚决定违法，遂作出了确认原处罚决定违法的复议决定。此时，若企业提起行政诉讼，应当以市政府为被告。
复议机关维持原行政行为，但复议决定中包含对原行政行为违法性的确认（这种情况较为特殊，实践中较少见，且可能因具体表述而异）
- 被告确定：理论上，若复议机关在维持原行政行为的同时，又确认原行政行为违法，这种表述可能存在矛盾。但若从严格意义上理解，且复议决定未改变原行政行为的处理结果，则可能仍视为维持原行政行为，此时原行政机关和复议机关为共同被告。然而，这种情况较为复杂，且可能因复议决定的具体表述和案件事实而有所不同。
- 实际操作建议：在遇到此类复杂情况时，建议当事人仔细审查复议决定的具体内容，并咨询专业律师以准确判断被告身份。
- 法律依据与说明：虽然直接法律依据可能未明确提及此种特殊情况，但可根据《中华人民共和国行政诉讼法》第二十六条第二款关于“复议机关决定维持原行政行为的，作出原行政行为的行政机关和复议机关是共同被告”的规定，以及复议决定对原行政行为处理结果的影响来综合判断。
额外说明与建议：
- 复议决定的重要性：复议决定的内容对确定被告身份至关重要。因此，当事人在收到复议决定后，应仔细审查其内容，特别是关于原行政行为合法性的评价部分。
- 咨询专业律师：由于行政复议和行政诉讼涉及复杂的法律问题和程序规定，建议当事人在遇到相关问题时及时咨询专业律师，以确保自身权益得到有效维护。
- 关注起诉期限：无论被告如何确定，当事人都需关注起诉期限的计算问题。根据法律规定，起诉期限通常从知道或应当知道行政行为之日起计算，且需在法定期限内提起诉讼。
总结：在行政复议确认违法的情况下，被告的确定主要取决于复议机关是否改变了原行政行为。若复议机关改变原行政行为并确认其违法，则复议机关为被告；若复议机关维持原行政行为（即使复议决定中包含对原行政行为违法性的确认，但未改变处理结果的，通常仍视为维持），则原行政机关和复议机关为共同被告。在遇到复杂情况时，建议当事人咨询专业律师以准确判断。