结论前置：合同中同时约定“综合计算工时工作制”和“计时”是否合法，需结合具体条款内容、审批程序及实际履行情况综合判断。以下从法律框架、审批要求、条款冲突处理三个角度展开分析：

一、法律框架：两种工时制度的合法性基础

1. 综合计算工时工作制
   根据《劳动法》第39条及《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》，企业可对符合条件的岗位（如交通、铁路、邮电等需连续作业的岗位）申请综合计算工时制，即以周、月、季、年为周期综合计算工作时间，但平均日/周工作时间不得超过法定标准（每日≤8小时、每周≤40小时）。
   合法要件：

   • 需经劳动行政部门审批；
     
   • 实际工作时间未超过周期内法定总工时（如月周期内总工时≤176小时）。

2. 标准工时制（计时）
   《劳动法》第36条规定，劳动者每日工作时间≤8小时、每周≤40小时，超出部分需支付加班费。这是默认的工时制度，无需审批。

关键点：若合同中“计时”指标准工时制，则两种制度可并存，但需明确适用范围（如综合计算工时制适用于特定岗位，标准工时制适用于其他岗位）。

二、审批程序：综合计算工时制的强制性要求

若合同约定综合计算工时制，但企业未履行审批程序，则该条款可能被认定为无效。根据《劳动合同法》第26条，违反法律、行政法规强制性规定的条款无效。
实务风险：未审批而实际执行综合计算工时制的，企业可能面临：

• 补发加班费（超出标准工时的部分按150%-300%支付）；
  
• 行政处罚（如劳动监察部门责令改正）。

三、条款冲突处理：如何避免“双标”矛盾

若合同同时约定两种制度且未明确适用范围，可能引发以下争议：

1. 员工主张按标准工时制计算加班费：若企业无法证明实际执行综合计算工时制（如未审批、未留存考勤记录），法院可能支持员工诉求。
   
2. 企业主张按综合计算工时制免除加班费：需证明：
   
   • 已获审批；
     
   • 周期内总工时未超标；
     
   • 考勤记录完整（如按月汇总工时）。

建议条款设计：

“乙方岗位实行综合计算工时工作制（已获XX劳动局审批，文号：XX），以月为周期综合计算工作时间。周期内总工时超过176小时的部分，按150%支付加班费；周期内未超标的，不视为加班。”  

四、实务操作建议

1. 企业端：

   • 申请综合计算工时制审批时，明确适用岗位、周期及计算方式；
     
   • 在合同中区分不同岗位的工时制度，避免“一刀切”约定；
     
   • 保留完整的考勤记录（如打卡记录、工时汇总表）。

2. 劳动者端：

   • 核对企业是否取得综合计算工时制审批文件；
     
   • 要求企业书面说明工时制度适用规则；
     
   • 保留加班证据（如考勤记录、工作邮件）。

总结：合同中同时约定两种工时制度本身不违法，但需满足“审批合法+条款明确+实际履行一致”三要件。若您遇到具体条款争议或需审核合同，可直接向我咨询，我会结合您的岗位性质、考勤记录等细节进一步分析。