结论：单位在职工下岗二十五年之后，且职工曾被判刑但当时未被开除的情况下，现在开除职工是否合法，需根据具体情况判断，若单位开除决定符合法律法规及内部规章制度，且程序合法，则可能是合法的；反之，则可能不合法。以下从多个角度进行分析：
一、法律法规层面
《中华人民共和国劳动法》与《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者解除劳动合同需符合法定条件，并遵循法定程序。
- 若职工因犯罪被依法追究刑事责任，用人单位可以解除劳动合同。但这一规定并未明确说明解除劳动合同的时间限制，即是否必须在职工被判刑后立即解除，还是可以事后解除。
时效性考虑：
- 法律法规并未明确规定用人单位必须在职工被判刑后的一定时间内解除劳动合同。因此，从时效性角度看，单位在职工下岗二十五年后开除，并不直接违反法律法规的时效性规定。
二、单位规章制度层面
内部规章制度：
- 单位通常会有自己的内部规章制度，包括员工行为规范、奖惩制度等。这些规章制度可能规定了员工因犯罪被判刑后的处理方式。
- 若单位规章制度中明确规定了员工因犯罪被判刑后应立即开除，且该规章制度已经职工代表大会或全体职工讨论通过，并向劳动者公示，则单位现在开除职工可能是合法的。
- 若单位规章制度中未明确规定或规定不明确，或者该规章制度未经过合法程序制定或公示，则单位现在开除职工可能缺乏合法依据。
程序合法性：
- 即使单位规章制度中规定了开除的条件，单位在开除职工时也需遵循法定程序，如提前通知、听取职工意见、进行工会或职工代表大会讨论等。
- 若单位未遵循法定程序开除职工，则可能构成违法解除劳动合同。
三、实际情况与公平性考虑
实际情况：
- 职工下岗二十五年，期间可能发生了诸多变化，如单位改制、职工身份转变等。这些变化可能影响单位开除职工的合法性和合理性。
- 若职工在判刑后已经接受了相应的惩罚，并在下岗期间表现良好，单位现在开除职工可能缺乏公平性和合理性。
公平性原则：
- 劳动法强调保护劳动者的合法权益，维护劳动关系的稳定。单位在开除职工时，应充分考虑公平性原则，避免对职工造成不必要的伤害。
四、建议与行动
审查单位规章制度：
- 职工可以首先审查单位的规章制度，了解其中关于员工因犯罪被判刑后的处理方式。
咨询专业意见：
- 若职工对单位的开除决定有异议，可以咨询专业律师或劳动仲裁机构，了解自己的权益和可能的维权途径。
协商与调解：
- 在可能的情况下，职工可以与单位进行协商或调解，寻求双方都能接受的解决方案。
法律途径：
- 若协商或调解无果，职工可以通过法律途径维护自己的权益，如申请劳动仲裁或提起诉讼。
总结来说，单位在职工下岗二十五年之后开除职工是否合法，需根据具体情况判断。若单位开除决定符合法律法规及内部规章制度，且程序合法，则可能是合法的；反之，则可能不合法。职工在面对此类情况时，应充分了解自己的权益和可能的维权途径，并寻求专业意见以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。