公司清算注销时，对处于退休保护期（如医疗期、孕期、产期、哺乳期等特殊保护期）的员工，赔偿需根据具体情况分层次处理，核心原则是优先保障员工合法权益并遵循法定清偿顺序。以下是具体分析：

1. 退休保护期员工的特殊身份认定

• 若员工处于法律明确规定的特殊保护期（如《劳动合同法》第42条列举的医疗期、女职工“三期”等），公司不得依据《劳动合同法》第40条、第41条解除劳动合同。若公司违法解除，员工可主张违法解除赔偿金（2N，N为工作年限对应的经济补偿月数）。
• 若公司进入清算程序，劳动合同终止，但员工仍享有优先受偿权（详见下文清偿顺序）。

2. 清算注销时的赔偿顺序与标准

• 经济补偿金：根据《劳动合同法》第44条、第46条，公司因解散而终止劳动合同的，应向员工支付经济补偿金（N）。
  例外：若公司已进入破产清算程序，经济补偿金按《企业破产法》第113条规定的顺序清偿（详见下文）。
• 特殊保护期员工的额外补偿：
  
  • 若员工处于医疗期，公司需支付医疗补助费（通常为6-12个月工资，具体按地方规定）；
    
  • 若员工处于“三期”，公司需一次性支付产假工资、生育津贴等法定待遇至哺乳期结束。

3. 清算财产分配中的优先权

• 根据《企业破产法》第113条，员工债权（包括工资、医疗伤残补助、抚恤费用、经济补偿金等）属于第一顺序清偿，优先于普通债权。
  
• 退休保护期员工的特殊权益：若公司财产不足以清偿所有债务，员工债权仍需优先支付，但需注意：
  
  • 经济补偿金、医疗补助费等可能受地方性法规限制（如最高不超过当地社平工资的3倍）；
    
  • 若公司未依法缴纳社保，员工可要求社保部门追缴，但清算程序中社保债权可能滞后于员工工资债权。

4. 实务操作建议

• 员工应主动申报债权：在清算组公告债权申报期限内，提交劳动合同、工资记录、医疗证明等材料，主张经济补偿金及特殊待遇。
  
• 警惕“假清算真逃债”：若公司未依法通知员工申报债权，员工可向法院申请撤销清算程序，并主张赔偿。
  
• 协商与诉讼并行：若清算财产不足，可尝试与公司股东或实际控制人协商垫付，或通过劳动仲裁、诉讼确认债权金额。

总结：公司清算注销时，退休保护期员工有权主张经济补偿金、医疗补助费及“三期”待遇，且其债权在清算财产分配中享有优先权。若公司违法解除合同，员工还可主张违法解除赔偿金。具体操作需结合公司财产状况、地方性法规及证据材料综合判断，建议及时咨询专业律师以制定维权策略。