结论前置：员工保底工资每月都不一样，是否可以仲裁取决于具体情况。如果这种差异违反了劳动合同的约定或相关法律法规的规定，损害了员工的合法权益，那么员工是可以申请劳动仲裁的。

详细分析：

1. 劳动合同的约定：

   • 首先，要查看劳动合同中关于保底工资的约定。如果劳动合同中明确规定了保底工资的具体数额或计算方式，并且用人单位未按照约定支付，那么员工有权要求用人单位按照合同约定支付，并可以申请劳动仲裁来维护自己的权益。

2. 法律法规的规定：

   • 即使劳动合同中没有明确规定保底工资的具体数额，但如果用人单位的支付行为违反了相关法律法规的规定，如最低工资标准等，员工同样可以申请劳动仲裁。例如，如果用人单位支付的保底工资低于当地最低工资标准，那么这种支付行为就是违法的，员工有权要求补足差额，并可以通过劳动仲裁来维权。

3. 工资差异的合理性：

   • 如果劳动合同中允许保底工资存在一定差异（如根据工作表现、出勤情况等因素进行调整），并且这种差异是合理的、有明确依据的，那么这种差异可能不构成违法。然而，如果差异缺乏合理性或依据，且损害了员工的合法权益，员工仍然可以申请劳动仲裁。

4. 申请劳动仲裁的流程：

   • 如果员工决定申请劳动仲裁，需要按照以下流程进行：首先，准备相关证据材料，如劳动合同、工资条、银行转账记录等；其次，向当地劳动仲裁委员会提交仲裁申请书及证据材料；最后，等待劳动仲裁委员会的受理和开庭审理，并根据仲裁结果执行。

法律建议：

• 在申请劳动仲裁前，建议员工先与用人单位进行协商，尝试通过友好沟通解决问题。
• 如果协商无果，再考虑申请劳动仲裁。在申请过程中，要确保提供充分的证据材料来支持自己的主张。
• 如果对劳动仲裁结果不满意，还可以在法定期限内向人民法院提起诉讼。

可能后果：

• 如果员工的仲裁请求得到支持，用人单位可能需要补足工资差额、支付经济补偿金等。
• 如果用人单位拒不执行仲裁结果，员工还可以申请法院强制执行。

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