可以申请劳动仲裁。针对您描述的情况，我将从以下几个方面进行详细分析：
一、关于保底工资未支付的问题
劳动合同约定：
- 如果您与公司签订的劳动合同中明确约定了三个月的保底工资，而公司只支付了两个月，那么公司未支付的部分构成了违约。根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
劳动仲裁申请：
- 您有权就公司未支付的保底工资部分向劳动仲裁机构申请仲裁，要求公司支付剩余的工资。在申请仲裁时，您需要提供劳动合同、工资条、银行转账记录等证据来证明公司未支付保底工资的事实。
二、关于劳动合同只有一份的问题
劳动合同的份数：
- 根据《劳动合同法》的规定，劳动合同应当由用人单位和劳动者各执一份。如果公司只提供了一份劳动合同，并且没有给您留存一份，这违反了法律规定。
对劳动仲裁的影响：
- 虽然劳动合同只有一份可能不会直接影响您申请劳动仲裁的权利，但它在证明劳动关系和合同条款方面可能会给您带来一定的困难。因此，我建议您在申请仲裁前，尽量收集其他能够证明劳动关系的证据，如工作证、考勤记录、同事证言等。
补救措施：
- 您可以向公司提出要求，要求其提供一份劳动合同的复印件或扫描件，以便您在仲裁过程中使用。如果公司拒绝提供，您可以在仲裁申请中说明这一情况，并请求仲裁机构根据其他证据来认定劳动关系和合同条款。
三、劳动仲裁的流程和建议
准备仲裁材料：
- 在申请劳动仲裁前，您需要准备充分的证据材料，包括劳动合同（如有）、工资条、银行转账记录、工作证、考勤记录等。这些材料将有助于证明您的主张和诉求。
提交仲裁申请：
- 您需要向当地的劳动仲裁机构提交仲裁申请，并填写相关的仲裁申请书。在申请书中，您需要详细陈述事实和理由，并提出具体的仲裁请求。
参加仲裁庭审：
- 在仲裁过程中，您需要参加庭审，并就您的主张和诉求进行陈述和辩论。仲裁机构将根据双方提供的证据和陈述来作出裁决。
执行仲裁裁决：
- 如果仲裁机构裁决公司支付您未支付的保底工资，而公司拒绝执行，您可以向人民法院申请强制执行。
建议：在申请劳动仲裁前，我建议您先与公司进行协商，看是否能够达成和解。如果协商无果，再考虑申请劳动仲裁。同时，我也建议您在仲裁过程中保持冷静和理性，按照法律程序进行操作，以维护自己的合法权益。如果您在仲裁过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。