结论：公司因员工处理废料不恰当而罚款，并扣除奖金和年终奖，以及给予记大过处分的行为，是否违反劳动法，需根据具体情况来判断。以下从多个角度进行分析：

1. 罚款的合法性：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位并非行政机关，不具有罚款权。因此，公司直接对员工进行罚款的行为，在法律上是不被允许的。
   • 例外情况：如果员工的行为给公司造成了实际经济损失，公司可以依据劳动合同或公司规章制度，要求员工进行赔偿，但这与罚款是不同的。赔偿应基于实际损失，且需经过合法程序。

2. 扣除奖金和年终奖的合法性：

   • 奖金和年终奖的性质：奖金和年终奖通常属于员工劳动报酬的一部分，其发放条件和标准应依据劳动合同或公司规章制度来确定。
   • 扣除的合法性：如果公司规章制度中明确规定了因员工违规行为可以扣除奖金或年终奖，且该规章制度已经过民主程序制定并公示，同时不违反法律法规的强制性规定，那么公司扣除奖金或年终奖的行为可能是合法的。但需注意，扣除的金额应合理，且不得违反最低工资标准等法律规定。

3. 记大过处分的合法性：

   • 处分的依据：公司对员工进行记大过等纪律处分，应依据公司规章制度来进行。该规章制度应明确规定处分的种类、条件、程序等。
   • 处分的合法性：如果公司规章制度中明确规定了因员工处理废料不恰当可以给予记大过处分，且该规章制度已经过民主程序制定并公示，同时不违反法律法规的强制性规定，那么公司给予记大过处分的行为可能是合法的。但需注意，处分的决定应公正、合理，且应告知员工申诉的权利。

4. 综合判断与建议：

   • 综合判断：在判断公司行为是否违法时，需综合考虑罚款、扣除奖金和年终奖、记大过处分等行为的合法性。如果其中任何一项行为违反了法律法规或公司规章制度的规定，都可能构成违法行为。
   • 建议：对于员工而言，如果认为公司的处理决定不合法或不合理，可以与公司进行沟通协商，要求公司说明处理决定的依据和理由。如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。同时，员工也应了解并遵守公司规章制度，避免违规行为的发生。

后续行动建议：如果您或您身边的人遇到了类似情况，建议先查阅公司规章制度中关于员工违规行为处理的相关规定，了解公司的处理依据和程序。如果认为公司的处理决定不合法或不合理，可以及时收集相关证据，如工资条、公司规章制度、处理决定通知等，以便在需要时维护自己的权益。有问题可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。