代发工资抵应收账款是否合法，需分情况讨论：
双方自愿且无违法情形时：
- 如果用人单位与员工之间存在明确的债权债务关系（如员工欠用人单位款项），且双方自愿达成协议，通过代发工资的方式抵扣应收账款，这种行为在法律上是被允许的。它本质上是一种债务清偿方式，只要不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体或第三人的利益，就是有效的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体有权依法设立、变更、终止民事法律关系。双方自愿达成的债务清偿协议，只要内容合法，即具有法律效力。
存在违法或不当情形时：
- 如果用人单位未经员工同意，单方面决定用代发工资的方式抵扣应收账款，这种行为可能构成违法。因为工资是员工劳动的报酬，用人单位无权擅自处置。
- 另外，如果抵扣的应收账款本身存在争议或违法性（如用人单位非法扣留员工工资作为抵押），那么这种抵扣行为也是无效的，甚至可能构成违法行为。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按时足额支付劳动者工资，不得克扣或者无故拖欠。同时，劳动者有权依法获得劳动报酬，并享受相应的福利待遇。
法律建议：
- 对于用人单位而言，如果希望通过代发工资的方式抵扣应收账款，应当事先与员工进行充分沟通，并达成书面协议。协议中应明确双方的权利义务、抵扣的金额和方式等关键条款，以避免后续纠纷。
- 对于员工而言，如果发现用人单位未经同意擅自用代发工资的方式抵扣应收账款，或者抵扣的应收账款存在争议或违法性，应当及时向用人单位提出异议，并保留相关证据。必要时，可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
可能法律后果：
- 如果用人单位未经员工同意擅自抵扣工资，可能面临劳动监察部门的处罚，包括责令支付工资、加付赔偿金等。
- 如果因抵扣行为引发劳动争议，用人单位可能需要承担举证责任，证明抵扣行为的合法性和合理性。如果无法证明，可能面临败诉的风险，并需要承担相应的法律责任。
总之，代发工资抵应收账款的合法性取决于双方是否自愿、是否存在违法情形等因素。在实际操作中，建议双方遵循法律法规的规定，通过协商达成合法有效的协议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。