以代发工资抵冲材料款的行为是否违法需分情况讨论，具体处理方式需结合行为性质和法律规定综合判断：

1. 若双方自愿且无其他违法情形，可能不直接违法，但存在法律风险
   根据《民法典》第143条，民事法律行为有效的条件包括：行为人具有相应民事行为能力、意思表示真实、不违反法律或公序良俗。若双方（如施工单位与材料供应商）自愿协商一致，以代发工资形式抵消材料款，且工资支付对象（如农民工）实际提供了劳动，该行为可能被认定为合法债务抵销。
   但需注意：若工资支付对象（如农民工）未实际提供劳动，或代发工资导致农民工工资被挪用，可能违反《保障农民工工资支付条例》第31条（“分包单位对所招用农民工的工资支付负直接责任，不得以工程款未到位等为由克扣或拖欠农民工工资”），涉嫌逃避工资支付义务，面临行政处罚（如责令限期改正、罚款）或刑事责任（如拒不支付劳动报酬罪）。

2. 若存在强制或欺诈情形，可能构成违法
   若一方以胁迫、欺诈手段迫使对方接受代发工资抵款，或代发工资导致农民工权益受损（如工资被截留、未足额支付），该行为可能因违反《民法典》第148-151条（欺诈、胁迫、显失公平）被撤销，或因违反《劳动合同法》第30条（工资必须以货币形式按月支付）被认定为无效。
   处理建议：受损害方可向劳动监察部门投诉（要求补发工资），或通过民事诉讼主张撤销抵款协议、要求赔偿损失。

3. 若涉及税务问题，可能构成偷逃税款
   代发工资需依法申报个税并代扣代缴。若以代发工资抵款未如实申报个税，或通过虚构工资名单套取资金，可能违反《税收征收管理法》第63条（偷税），面临补缴税款、滞纳金及罚款（0.5倍至5倍税款）；情节严重的，可能构成逃税罪（《刑法》第201条）。
   处理建议：立即补缴税款及滞纳金，主动向税务机关说明情况；若已被立案，可委托律师争取从轻处理（如初犯、配合调查等）。

具体处理步骤：

1. 核查协议内容：确认代发工资抵款是否基于双方真实意思表示，是否明确工资支付对象、金额及材料款抵扣方式；
   
2. 评估农民工权益：若涉及农民工工资，需确保工资已足额支付至本人账户，避免挪用；
   
3. 税务合规审查：检查代发工资是否依法申报个税，是否存在虚构工资名单等行为；
   
4. 协商或诉讼：若发生纠纷，优先协商解决；协商不成，可依据合同关系（如买卖合同、劳务合同）向法院起诉，或向劳动监察、税务部门举报。
   

提示：此类操作需谨慎设计交易结构，建议通过书面协议明确各方权利义务，并咨询专业律师确保合规。若有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律风险。