用人单位代垫后从工资抵扣是否违法，需分情况讨论：
事前明确约定且扣除后工资不低于最低工资标准：
- 若用人单位在事前与员工有明确的约定，即员工同意用人单位在特定情况下（如员工造成公司损失、员工需承担的费用等）代垫款项，并从其工资中扣除，且扣除后的工资仍不低于当地最低工资标准，那么此举通常并不违反法律。
- 法律依据：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
未经员工一致同意擅自垫付并扣除：
- 若用人单位未经员工一致同意，擅自代垫款项并从员工工资中扣除，或者扣除后的工资低于当地最低工资标准，那么此举可能涉及违法行为。
- 法律后果：用人单位可能面临劳动行政部门的责令改正、罚款等行政处罚，同时员工也有权通过法律途径维护自己的合法权益，如要求用人单位补发工资、支付经济补偿等。
扣除的合理性：
- 即使事前有约定，扣除的金额也需合理。例如，以员工工作失误导致公司损失为例，若员工有重大过失，经过合法程序判定后，在合理范围内扣除工资是可以接受的。但扣除的金额不应超过员工实际应承担的损失，且需符合相关法律法规的规定。
建议与注意事项：
- 明确约定：用人单位在与员工签订劳动合同时，应明确约定在何种情况下可以代垫款项并从工资中扣除，以及扣除的金额和方式等。
- 遵守法律法规：用人单位在扣除员工工资时，应严格遵守相关法律法规的规定，确保扣除的金额和方式合法合规。
- 保护员工权益：用人单位应尊重员工的合法权益，不得擅自扣除员工工资或降低员工工资标准。若需扣除工资，应事先与员工协商一致，并确保扣除后的工资不低于当地最低工资标准。
后续行动建议：
- 若您作为员工，遇到用人单位擅自代垫并扣除工资的情况，可以先与用人单位协商解决。若协商无果，可以向当地劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 若您作为用人单位，需要代垫款项并从员工工资中扣除，建议事先与员工明确约定，并确保扣除的金额和方式合法合规。如有需要，可以咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
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