结论：考勤单上是一个公司，而发工资的不是考勤单上的公司，这种行为是否违法不能一概而论，需要分情况讨论。

分析：

1. 关联公司或集团内部调配：

   • 在一些大型企业或集团中，可能存在多个关联公司。员工可能在一个公司（如子公司）工作，但工资由另一个公司（如母公司或另一子公司）发放。这种情况下，如果员工与考勤单上的公司签订了劳动合同，且该合同中明确约定了工资支付方式（包括由其他关联公司支付），或者员工对此情况知情并同意，那么这种行为通常不构成违法。
   • 法律依据：根据《劳动合同法》的相关规定，劳动合同应当明确约定劳动报酬等条款。如果合同中有明确约定，且不违反法律法规的强制性规定，那么该约定是有效的。

2. 非法用工或逃避法律责任：

   • 如果考勤单上的公司与实际支付工资的公司之间没有合法的关联关系，且这种安排是为了逃避法律责任（如逃避社保缴纳、税务申报等），那么这种行为可能构成违法。
   • 法律后果：根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按时足额支付劳动报酬，并依法为劳动者缴纳社会保险费。如果用人单位存在逃避法律责任的行为，劳动者有权向劳动监察部门投诉，要求用人单位承担相应的法律责任。

3. 劳务派遣或外包情况：

   • 在劳务派遣或外包的情况下，员工可能与一个公司（如劳务派遣公司或外包公司）签订劳动合同，但被派遣到另一个公司（如用工单位）工作。此时，工资可能由劳务派遣公司或外包公司发放，而考勤则可能由用工单位负责。这种情况下，如果符合劳务派遣或外包的相关法律法规规定，且员工对此知情并同意，那么这种行为也是合法的。
   • 法律依据：根据《劳务派遣暂行规定》等相关法律法规，劳务派遣单位应当与被派遣劳动者订立劳动合同，并依法支付劳动报酬、缴纳社会保险费等。用工单位则负责提供劳动条件、进行考勤管理等。

建议：

• 如果您遇到这种情况，首先应当查看自己的劳动合同，了解工资支付方式的约定。
• 如果合同中没有明确约定，或者您对这种安排存在疑问，建议您与考勤单上的公司或实际支付工资的公司进行沟通，明确双方的权利和义务。
• 如果您认为这种行为侵犯了您的合法权益，您可以向当地的劳动监察部门投诉，或者寻求法律援助和咨询。

后续行动：

• 如果您需要进一步的法律帮助或咨询，可以直接向我提问，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。