若停工留薪期延长申请未被人社部门通过，可按以下步骤处理：

1. 核查未通过的具体原因
   首先，向当地人社部门申请书面说明未通过的具体理由（如医疗期已满、证据不足、程序瑕疵等）。这是后续处理的关键依据，例如：

   • 若因“医疗期已满”被拒，需确认是否已达到《工伤保险条例》规定的医疗终结标准（如伤情稳定、功能恢复等）；
     
   • 若因“证据不足”，需补充提交医疗机构出具的详细诊断证明、康复建议等材料；
     
   • 若因“程序瑕疵”（如申请超期、材料缺失），需及时补正并重新提交。

2. 根据原因采取针对性措施

   • 情况一：对事实认定有异议
     若认为人社部门的结论与实际伤情不符（如医生建议继续休养但未被采纳），可申请劳动能力鉴定委员会重新鉴定。根据《工伤保险条例》第二十八条，自劳动能力鉴定结论作出之日起1年后，工伤职工或其近亲属、所在单位或经办机构认为伤残情况发生变化的，可申请复查鉴定。若鉴定结果支持延长停工留薪期，可凭新结论向人社部门申请复核。
     
   • 情况二：对程序或证据有异议
     若因材料不全或程序问题被拒，需在规定期限内（通常为15-30日）补正材料并重新申请。例如，补充提交主治医师签字的《延长停工留薪期申请表》、详细病历记录、康复计划等，确保材料完整且符合格式要求。
     
   • 情况三：协商或调解无果
     若与人社部门沟通后仍无法解决，可向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求裁决延长停工留薪期。仲裁时需提交劳动合同、工伤认定书、医疗证明、原停工留薪期决定书等证据，证明延长休养的必要性。

3. 注意事项

   • 时效性：停工留薪期一般不超过12个月，伤情严重或情况特殊可申请延长，但需在期满前提出。若已过期，需说明逾期原因（如突发并发症）并尽快补交材料。
     
   • 证据充分性：医疗证明需由签订服务协议的医疗机构出具，并明确建议休养的具体期限。若医生仅口头建议，需要求其书面记录并签字盖章。
     
   • 沟通方式：与人社部门沟通时，建议书面提交异议并留存回执，避免口头沟通无记录；若需仲裁，可提前咨询律师整理证据链。

总结：未通过延长申请时，先明确原因，再通过补正材料、申请复查鉴定或仲裁等途径解决。若对流程不熟悉，可直接向我咨询具体操作细节。