工厂员工请假超过五天，工资扣除方式需根据具体情况确定，主要取决于工厂的规章制度、劳动合同约定以及相关法律法规的规定。以下分情况详细说明：

1. 工厂规章制度或劳动合同有明确规定
   如果工厂的规章制度或劳动合同中明确规定了请假超过一定天数（如五天）的工资扣除标准（例如按日工资的百分比扣除、扣除全勤奖等），且该规定不违反法律法规的强制性规定（如不低于当地最低工资标准），则工厂可以按照约定扣除相应工资。
   法律依据：根据《劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。同时，根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。

2. 工厂规章制度或劳动合同无明确规定
   如果工厂的规章制度或劳动合同中未明确规定请假超过五天的工资扣除方式，则工厂不能随意扣除工资。此时，工资扣除需遵循以下原则：

   • 事假：员工因个人原因请假，工厂可以不支付请假期间的工资，但不得额外扣除其他工资。
     
   • 病假：员工因病请假，工厂需按照当地规定支付病假工资（通常不低于当地最低工资标准的80%）。
     
   • 其他假期：如婚假、产假、丧假等，工厂需按照国家或地方规定支付工资，不得扣除。
     法律依据：根据《劳动法》第五十一条，劳动者在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。同时，根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工病假期间，用人单位需支付病假工资或疾病救济费。

3. 工厂规章制度或劳动合同规定违法
   如果工厂的规章制度或劳动合同中规定的工资扣除方式违反了法律法规的强制性规定（如扣除比例过高、扣除后工资低于最低工资标准等），则该规定无效，工厂需按照法律规定支付工资。
   法律依据：根据《劳动合同法》第二十六条，用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利的，或者违反法律、行政法规强制性规定的劳动合同无效或者部分无效。

建议：

• 如果您对工厂的工资扣除方式有疑问，建议先查阅工厂的规章制度或劳动合同，了解具体规定。
  
• 如果认为工厂的工资扣除方式违法或不合理，可以与工厂协商解决；协商不成的，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
  

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