事假超过20天时，工资扣除方式需根据用人单位的规章制度、劳动合同约定以及地方性法规综合判断，具体分为以下几种情况：

1. 用人单位有明确规章制度且合法
   若用人单位在劳动合同或依法制定的规章制度中明确规定了事假工资扣除标准（如按日工资的百分比扣除、设定事假工资基数等），且该制度已通过民主程序制定并公示，则扣除方式需严格遵循制度规定。例如，部分企业规定事假期间不支付工资，或按实际出勤天数计算工资，均属于合法范畴。
   法律依据：根据《劳动合同法》第四条，用人单位应依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。若制度内容合法且程序合规，可作为工资扣除的依据。

2. 用人单位无明确制度或制度违法
   若用人单位未制定事假工资扣除规则，或制度内容违反法律强制性规定（如扣除后工资低于当地最低工资标准），则需按法定标准处理。此时，事假期间工资扣除通常遵循“按日扣除日工资”的原则，但需确保扣除后剩余工资不低于最低工资标准。
   计算方式：日工资=月工资÷21.75天（月计薪天数），事假20天扣除金额=日工资×20天。若扣除后工资低于最低工资，用人单位需补足差额。
   法律依据：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。事假虽不直接等同于“经济损失”，但部分地方性法规（如《江苏省工资支付条例》）明确规定，劳动者事假期间，用人单位可不支付工资。

3. 地方性法规的特殊规定
   部分地区对事假工资扣除有更详细的规定。例如，《江苏省工资支付条例》第二十六条规定，劳动者事假期间，用人单位可不支付工资；《深圳市员工工资支付条例》第二十四条则规定，员工请事假的，用人单位可以不支付其事假期间的工资。因此，需结合用人单位所在地的地方性法规综合判断。
   建议：若用人单位所在地有特殊规定，应优先适用地方性法规；若无明确规定，则参照用人单位规章制度或劳动合同约定。

总结与建议：

1. 核查制度：首先确认用人单位是否有合法有效的事假工资扣除制度，并核对制度内容是否违反法律强制性规定。
   
2. 计算扣除金额：若制度合法，按制度规定计算扣除金额；若无制度或制度违法，按“日工资×事假天数”计算，并确保扣除后工资不低于最低工资标准。
   
3. 咨询当地劳动部门：若对地方性法规或计算方式存在疑问，建议向当地劳动保障行政部门咨询，以获取更精准的指导。
   

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