公司让员工上十二小时班却按八小时打卡，这种做法是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：
法律角度
工作时间规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。若公司要求员工工作十二小时，明显超出了法定工作时间。
- 即使公司因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，但根据《劳动法》第四十一条，一般每日也不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。十二小时的工作时间显然超出了这一限制。
加班工资支付：
- 如果公司确实需要员工加班，根据《劳动法》第四十四条，应支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬。具体来说，安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
- 公司让员工上十二小时班却按八小时打卡，很可能是为了规避支付加班工资的责任，这种行为是违法的。
打卡记录与实际工作时间不符：
- 打卡记录是证明劳动者工作时间的重要证据。如果公司要求员工按八小时打卡，但实际工作时间为十二小时，这种打卡记录与实际不符的情况，一旦发生劳动争议，公司可能面临举证不能的风险，即无法证明员工实际的工作时间，从而可能承担不利的法律后果。
实际操作与风险角度
员工权益受损：
- 员工长时间工作可能导致身体疲劳、健康受损，甚至引发职业病。同时，由于加班工资未得到支付，员工的经济利益也受到损害。
公司法律风险：
- 公司若长期实行这种不合法的工时制度，一旦被劳动监察部门查处，将面临罚款、责令改正等行政处罚。
- 在劳动争议中，公司可能因无法提供合法的工时记录而败诉，需要支付加班工资、经济补偿金等费用。
建议与措施
员工方面：
- 员工应保留好实际工作时间的证据，如工作记录、同事证言等，以便在发生劳动争议时维护自己的权益。
- 若公司存在违法行为，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
公司方面：
- 公司应遵守国家法律法规，合理安排员工的工作时间，确保员工的身心健康。
- 若确实需要员工加班，应依法支付加班工资，并保留好相关的支付记录。
- 公司应建立完善的工时管理制度，确保打卡记录与实际工作时间相符，避免发生劳动争议。
综上所述，公司让员工上十二小时班却按八小时打卡的做法是不合法的。员工应了解自己的权益并积极维护，公司也应遵守法律法规，合理安排员工的工作时间。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。