员工上班十二小时是否违法，需根据具体情况来判断。以下是从不同角度进行的分析：
一般情况下的违法性
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。同时，第三十八条规定用人单位应保证劳动者每周至少休息一日。因此，如果用人单位安排劳动者每天上班十二小时，且没有合理的休息安排、调休、补休措施，也未按照法律规定支付加班工资，这种做法是违法的。
特殊情况下的合法性
- 不定时工作制：对于因工作性质、特点或职责限制无法按标准工作时间衡量的职工，如高级管理人员、外勤人员等，可能实行不定时工作制。在此制度下，上班十二小时不一定违法，但需确保职工整体工作时间和休息权益得到保障，且需经过劳动行政部门的审批。
- 综合计算工时工作制：适用于交通、铁路、邮电等特殊行业需连续作业的职工。以周、月、季、年为周期综合计算工作时间，但平均日工作时间和周工作时间应与法定标准基本相同。在综合计算周期内，某一日（或周）实际工作时间可超过8小时（或40小时），但总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。超过部分需按加班处理并支付加班工资。因此，如果用人单位实行综合计算工时工作制，并经过合法审批，上班十二小时可能不违法。
- 依法延长工作时间：根据《劳动法》第四十一条，用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可延长工作时间，一般每日不得超过1小时；特殊原因下延长工作时间每日不得超过3小时，每月不得超过36小时。第四十二条规定了在自然灾害、事故等紧急情况下，延长工作时间不受上述限制。在这些情况下，如果用人单位与工会和劳动者协商一致，或符合法律规定的特殊情形，并依法支付加班工资，则安排劳动者上班十二小时是合法的。
劳动者权益保护
- 如果用人单位违反规定强制劳动者加班，劳动者有权拒绝。
- 若用人单位安排加班不支付加班费，劳动者可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自身合法权益。加班费的具体标准根据《劳动法》第四十四条执行：工作日加班需支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日加班应先安排补休，不能安排补休的需支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定节假日加班需支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
总结：上班十二小时是否违法需综合考虑多种因素，包括工作性质、行业规定、是否经过合法审批以及是否支付了相应的加班费用等。在任何情况下，用人单位都应严格遵守劳动法的规定，确保劳动者的合法权益得到保障。如果您有具体的劳动纠纷问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况给出更详细的法律建议。