结论：在分公司工作但签订的是总公司劳务合同（劳动合同），这种用工模式在法律上是合法的，但具体是否合法且合理，需根据分公司的法律地位、劳动合同的具体内容以及总公司和分公司之间的法律关系等多方面因素综合判断。
一、分公司法律地位的影响
有营业执照的分公司：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第四条，依法取得营业执照或者登记证书的分支机构，可以作为用人单位与劳动者订立劳动合同。这意味着，如果分公司已经依法取得营业执照，它本身就具备签订劳动合同的资格。然而，这并不排除总公司与劳动者签订劳动合同，并将劳动者安排至分公司工作的可能性。这种安排属于公司内部的工作调配，不违反法律法规的强制性规定。
无营业执照的分公司：
- 对于未依法取得营业执照或者登记证书的分公司，它不能独立与劳动者签订劳动合同。此时，由总公司与劳动者签订劳动合同，并将劳动者安排至分公司工作，是合法且合理的。因为分公司的民事责任由总公司承担，这种安排既符合法律规定，又能确保劳动关系的稳定性和合法性。
二、劳动合同内容的关键性
劳动关系主体：
- 无论分公司是否有营业执照，劳动者与总公司签订劳动合同，意味着劳动者的劳动关系主体是总公司。总公司承担用人单位的法定责任，如支付工资、缴纳社会保险等。这一点必须在劳动合同中明确约定，以避免潜在的纠纷。
工作地点与岗位：
- 劳动合同中应详细列明工作地点（分公司所在地）、工作岗位等重要条款。这有助于明确劳动者的具体工作内容和地点，减少因工作地点变更而引发的劳动争议。
劳动报酬与社保缴纳：
- 劳动合同中应明确劳动报酬的支付主体和方式，以及社会保险的缴纳地点和方式。如果涉及到社会保险缴纳等问题，总公司应按照法律规定，在其注册地或者劳动合同履行地为劳动者办理社会保险登记和缴纳手续。
三、总分公司法律关系的明确性
隶属或管理关系：
- 总公司与分公司之间应存在明确的隶属或管理关系，这种关系应在公司内部文件或相关协议中得以体现。这有助于明确双方的权利和义务，减少因管理混乱而引发的劳动争议。
内部调配的合法性：
- 总公司安排劳动者到分公司工作，属于公司内部的工作调配。只要这种调配不违反法律法规的强制性规定，且双方在劳动合同中对此有明确约定或者劳动者以实际行动表示接受这种安排，该用工模式即为合法有效。
四、实务操作中的建议
仔细阅读合同条款：
- 劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，确保自己的权益得到充分保障。特别是关于工作地点、工作岗位、劳动报酬、社会保险等方面的条款，必须明确无误。
及时咨询与沟通：
- 如果对劳动合同内容有任何疑问或争议，建议及时与总公司或分公司的人力资源部门进行沟通。必要时，可以寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益不受损害。
保留相关证据：
- 在工作过程中，劳动者应保留与工作相关的所有证据，如工资条、社保缴纳记录、工作证等。这些证据在发生劳动争议时，将起到至关重要的作用。
举例说明：
假设某连锁企业在北京设立了总公司，并在上海开设了一家分公司。分公司尚未取得营业执照。此时，总公司招聘了一名员工，并与该员工签订了劳动合同，约定员工被派往上海的分公司工作，工资由总公司发放，社保在北京缴纳。这种情况下，只要劳动合同内容合法、明确，且双方对此无异议，该用工模式就是合法的。
总结与建议：
在分公司工作但签订的是总公司劳务合同（劳动合同），这种用工模式在法律上是合法的。但为了确保用工的合法性和合理性，建议双方在签订劳动合同时，明确约定劳动关系主体、工作地点、工作岗位、劳动报酬、社会保险等重要条款。同时，总公司和分公司之间应存在明确的隶属或管理关系，并在公司内部文件或相关协议中得以体现。如有任何疑问或争议，建议及时咨询专业律师或相关机构进行解决。