结论：公司因员工患病而停止缴纳社保的行为一般不合法，但存在特殊情形需具体分析。以下从不同角度展开说明：

1. 法定缴纳义务与患病无关

根据《社会保险法》第58条、第60条，用人单位必须自用工之日起30日内为员工办理社保登记，并按时足额缴纳社保费用（包括养老、医疗、失业、工伤、生育保险）。这一义务不因员工患病而免除，即使员工因病长期休假或丧失劳动能力，公司仍需履行缴费义务。

例外情形：若员工被依法宣告失踪、死亡，或达到法定退休年龄且办理退休手续，公司可停止缴纳社保。但单纯患病不属于法定免缴事由。

2. 医疗期内的特殊保护

根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因病或非因工负伤需停止工作治疗时，公司需给予医疗期（3-24个月不等，根据工龄确定）。在医疗期内，公司不得解除劳动合同，且必须继续缴纳社保。若公司在此期间停缴，员工可依据《劳动合同法》第38条主张被迫解除劳动合同，并要求公司补缴社保、支付经济补偿金。

3. 医疗期满后的处理

若医疗期满后，员工仍无法从事原工作或公司另行安排的工作，公司可依据《劳动合同法》第40条解除劳动合同。但解除前，公司仍需履行社保缴纳义务至劳动合同终止之日。若公司未解除合同却停缴社保，仍属违法。

4. 实务操作建议

• 对员工：若公司停缴社保，可先与公司协商补缴；协商不成，可向当地社保部门投诉（要求强制补缴），或申请劳动仲裁（主张补缴社保及经济补偿）。
• 对公司：若因经营困难需暂停社保，需与员工协商一致并签订书面协议（但此协议可能因违反强制性规定被认定无效）。更稳妥的做法是依法申请缓缴社保（需符合《社会保险法》第63条规定的条件，如经社保机构批准）。

总结：公司不得以员工患病为由单方面停缴社保，否则需承担补缴、罚款等法律责任。员工应保留劳动合同、工资记录、医疗证明等证据，以维护自身权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。