公司辞退赔偿只赔底薪是不合法的。以下是从不同角度的详细分析：
一、法律角度
工资总额组成：
- 根据《关于工资总额组成的规定》，工资总额包含计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资以及特殊情况下支付的工资。因此，劳动者的月工资不仅指底薪，还包括其他应得收入，如绩效工资、奖金、津贴等。
经济补偿计算：
- 依据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条，经济补偿应按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。这里的“月工资”指的是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，包含底薪以外的其他收入部分。
- 例如，如果劳动者在劳动合同解除前十二个月的平均工资为8000元（其中底薪5000元，绩效工资3000元），那么经济补偿应按照8000元的标准计算，而不是仅按照底薪5000元计算。
违法辞退的后果：
- 若用人单位违法辞退员工，即无合法解雇理由或未遵循法定程序，除需支付实际工作工资外，还需按经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。这意味着，如果公司仅按底薪支付赔偿，将面临支付更高赔偿金的风险。
二、实际操作角度
明确工资构成：
- 在辞退员工前，用人单位应清晰界定员工的工资构成，确保所有应得部分都被纳入考虑范围。这包括底薪、绩效工资、奖金、津贴等所有组成部分。
遵循法定程序：
- 用人单位在辞退员工时，必须严格遵守法定程序和条件，如提前通知、支付经济补偿等。以避免因程序不当而引发的法律纠纷。
及时支付工资与经济补偿：
- 解除或终止劳动合同后，用人单位应立即支付员工应得的工资和经济补偿金，避免无故拖延。如果公司仅按底薪支付，员工有权要求公司补足差额，并可能通过法律途径维护自身权益。
三、特殊情况说明
尽管一般情况下按底薪计算赔偿不合法，但也存在例外情况。如果劳动合同中明确约定在某些特定情形下（如辞退时）赔偿仅按底薪计算，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，同时用人单位能证明该约定的合理合法性（例如基于公平合理的绩效考核制度），这样的约定可能被视为有效。然而，这种情况非常罕见，且需要严格的法律审查和证据支持。
四、建议与措施
与公司沟通：
- 如果公司提出仅按底薪支付赔偿，员工应首先与公司进行沟通，明确公司的意图和依据，并尝试协商解决方案。
法律维权：
- 如果公司做法不合理或违法，员工可以向劳动监察部门投诉，申请劳动仲裁，甚至提起诉讼以维护自己的合法权益。在维权过程中，员工应保留好相关证据，如劳动合同、工资条、辞退通知等。
综上所述，公司辞退赔偿只赔底薪是不合法的。员工在面对此类情况时，应充分了解自身权益和法律规定，采取适当的应对措施以保护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。