针对已入职员工不配合转移档案的问题，首先需要明确的是，档案移交是法定义务，无论是员工还是用人单位，都必须遵守相关法律法规。

一、法律义务与责任

1. 用人单位的义务：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第五十条，用人单位在解除或终止劳动合同时，必须在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。这是用人单位的法定义务，不得附加其他条件。
   • 如果用人单位因员工不配合而拒绝办理档案转移手续，并因此造成劳动者损失的，用人单位需要承担赔偿责任。

2. 员工的义务：

   • 员工虽然应当按照双方约定办理工作交接，但这并不构成用人单位办理档案转移手续的前置条件。
   • 然而，如果员工拒不办理工作交接给用人单位造成损失的，用人单位有权要求员工赔偿损失。但这并不免除用人单位办理档案转移手续的义务。

3. 档案移交的法律规定：

   • 根据《档案法》及相关规定，档案移交是法定义务，任何个人或单位不得拒绝归档或据为己有。
   • 拒不按照国家规定向指定的国家档案馆移交档案的，对有关责任人员将给予警告、记过、记大过、降级、撤职等处分。

二、处理建议

1. 沟通协商：

   • 首先，用人单位应与员工进行沟通，了解其不配合转移档案的具体原因，并尝试通过协商解决问题。
   • 可以向员工解释档案转移的重要性，以及不转移可能带来的法律后果。

2. 发送书面通知：

   • 如果沟通无果，用人单位可以向员工发送书面通知，要求其在规定时间内配合办理档案转移手续。
   • 通知中应明确告知员工不配合的法律后果，以及用人单位将采取的措施。

3. 寻求法律帮助：

   • 如果员工仍然拒绝配合，用人单位可以寻求法律帮助，如咨询律师或向劳动仲裁机构申请仲裁。
   • 在法律程序中，用人单位需要提供充分的证据证明其已经履行了通知义务，以及员工的不配合行为。

4. 强制执行（如适用）：

   • 在某些情况下，如果用人单位获得了法院的判决或仲裁机构的裁决，要求员工配合办理档案转移手续，但员工仍然拒绝执行，用人单位可以申请法院强制执行。

三、注意事项

• 保留证据：在整个处理过程中，用人单位应保留好所有与员工沟通、通知、法律程序等相关的证据，以备不时之需。
• 合法合规：用人单位在处理员工档案问题时，必须确保所有行为都合法合规，避免侵犯员工的合法权益。
• 及时处理：档案问题涉及员工的切身利益，用人单位应及时处理，避免因拖延而引发不必要的法律纠纷。

综上所述，已入职员工不配合转移档案是违法行为，用人单位应通过沟通协商、发送书面通知、寻求法律帮助等方式来解决问题，并确保所有行为都合法合规。