公司可采取以下措施处理员工人事档案不转入的情况，具体需结合实际情况和法律规定进行操作：

1. 明确档案管理的法律要求
   根据《企业职工档案管理工作规定》和《劳动合同法》，用人单位对员工档案有管理义务，但法律未强制要求员工必须将档案转入公司。若公司因特殊原因（如国企、事业单位或涉及职称评定、社保办理等）需管理档案，应通过合法途径要求员工配合；若无需档案，则无需强制要求转入。

2. 分情况处理档案不转入的问题

   • 情况一：公司无需档案管理
     若公司无档案管理权限（如私营企业）或无需档案办理业务（如社保已独立缴纳），可与员工协商，明确告知档案不转入不影响劳动关系，但需保留员工档案存放地的书面证明（如存档机构出具的证明），避免后续纠纷。

   • 情况二：公司需档案管理但员工拒绝转入
     若公司因业务需要（如国企、事业单位或涉及职称评定）必须管理档案，可采取以下步骤：

     • 书面通知员工：要求员工在规定期限内将档案转入公司指定存档机构，并说明不转入的后果（如影响工资调整、职称评定等）。
       
     • 协商解决方案：若员工因客观原因（如原单位扣留档案）无法转入，可协助员工通过劳动监察或法律途径解决档案问题。
       
     • 依法处理劳动关系：若员工无正当理由拒绝转入且影响公司正常管理，可依据公司规章制度（需经民主程序公示）处理，但不得直接解除劳动合同，否则可能构成违法解除。

3. 风险提示与合规建议

   • 避免强制扣押档案：根据《劳动合同法》，用人单位不得扣押劳动者档案，否则可能面临行政处罚（如责令改正、罚款）或赔偿损失。
     
   • 完善劳动合同条款：在劳动合同中明确档案管理的责任和义务，例如约定“员工应配合将档案转入公司指定机构，否则影响相关待遇的，由员工自行承担责任”。
     
   • 保留沟通证据：若与员工协商档案问题，需保留书面通知、回执、协商记录等证据，以备后续争议时使用。

总结：公司应根据自身需求和法律规定，通过协商、通知或制度约束处理档案不转入问题，避免强制操作或违法解除合同。如有具体案例或细节需要进一步分析，可直接向我咨询。