结论：公司这种将协议工资4000元拆分为最低工资、加班费、全勤奖金和补贴等组成部分的做法是否合适，不能一概而论，需要分情况讨论。

分析：

1. 若协议中明确约定工资构成：

   • 如果您与公司签订的劳动合同或相关协议中，已经明确约定了4000元工资由最低工资、加班费、全勤奖金和补贴等具体部分组成，且这种约定不违反法律法规的强制性规定（如最低工资标准等），那么公司的做法在法律上是可行的。
   • 在这种情况下，您需要仔细审查协议中的各项条款，确保自己清楚了解工资的构成和计算方式，以便在发生争议时能够维护自己的权益。

2. 若协议中未明确约定工资构成：

   • 如果劳动合同或相关协议中并未明确约定4000元工资的具体构成，而公司却擅自将其拆分为多个部分，这种做法可能存在问题。
   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。如果公司通过拆分工资构成的方式，实际上降低了您的实际收入或者违反了最低工资标准等规定，那么这种做法就是不合法的。
   • 在这种情况下，您可以与公司进行协商，要求公司按照协议约定的工资标准支付工资。如果协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

3. 关于加班费、全勤奖金和补贴的合法性：

   • 加班费：根据《中华人民共和国劳动法》的规定，劳动者在加班时应当获得相应的加班费。如果公司按照法律规定支付了加班费，且这部分费用被合理包含在4000元工资中，那么是合法的。
   • 全勤奖金：全勤奖金是公司为了鼓励员工出勤而设立的一种奖励制度。如果公司明确规定了全勤奖金的发放条件和标准，并且您符合这些条件，那么公司应当支付全勤奖金。
   • 补贴：补贴是公司为了补偿员工因工作产生的额外费用或者提高员工的生活水平而支付的一种费用。如果补贴的发放符合公司的规定和法律法规的要求，那么也是合法的。

建议：

• 在签订劳动合同时，务必仔细阅读合同条款，特别是关于工资构成的条款，确保自己清楚了解工资的构成和计算方式。
• 如果公司擅自改变工资构成或者降低实际收入，您可以与公司进行协商，要求公司按照协议约定的工资标准支付工资。
• 如果协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

后续行动：

• 如果您对公司的工资构成有疑问或者认为公司的做法不合法，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。