劳动仲裁赔偿协议中包括未缴纳的公积金款项，这一做法的合法性需分情况讨论：

1. 公积金缴纳的法定性：

   • 根据《住房公积金管理条例》的相关规定，用人单位必须为员工缴纳住房公积金，这是法定义务，不得通过任何协议或约定免除。因此，从公积金缴纳的法定性角度来看，劳动仲裁赔偿协议中试图通过协议方式免除用人单位公积金缴纳义务的部分，是违法的，不具有法律效力。

2. 劳动仲裁赔偿协议的内容合法性：

   • 劳动仲裁赔偿协议是双方自愿达成的，用于解决劳动争议的一种协议。其内容应当合法、公平、合理，且不得违反法律法规的强制性规定。如果协议中包含了未缴纳的公积金款项，且该部分款项被视为对用人单位未履行法定义务的一种补偿或替代，那么这样的协议内容很可能是违法的，因为公积金的缴纳是法定的，不能通过协议来替代或免除。

3. 实际操作中的建议：

   • 对于劳动者而言，如果发现劳动仲裁赔偿协议中包含了未缴纳的公积金款项，应当谨慎考虑。一方面，可以要求用人单位单独就公积金缴纳问题进行协商和解决；另一方面，如果用人单位拒绝缴纳公积金，劳动者可以向当地的住房公积金管理中心进行投诉和举报，由相关部门依法对用人单位进行处罚和追缴。
   • 对于用人单位而言，应当严格遵守法律法规的规定，及时、足额地为员工缴纳住房公积金。如果因特殊原因无法按时缴纳，应当及时与员工进行沟通，并尽快补缴，以避免因违法而承担不必要的法律责任。

总结与建议：

• 劳动仲裁赔偿协议中不应包含未缴纳的公积金款项，因为公积金的缴纳是法定的，不能通过协议来替代或免除。
• 如果协议中包含了这样的内容，劳动者应当谨慎考虑并寻求合法途径解决公积金缴纳问题；用人单位则应当严格遵守法律法规，及时为员工缴纳公积金。
• 在实际操作中，如果遇到相关问题或纠纷，建议及时咨询专业律师或相关部门的意见，以确保自身权益得到合法保障。

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