裁员赔偿协议中写明不能追偿公积金、社保未缴纳部分是否合法，取决于具体情况。以下是对此问题的详细分析：

1. 协议条款的合法性：

   • 裁员赔偿协议是双方自愿达成的，理论上可以包含各种条款，但这些条款必须符合法律规定，不能违反法律强制性规定。
   • 如果协议中的条款，如“不能追偿公积金、社保未缴纳部分”，违反了劳动法、社会保险法等相关法律法规，那么这些条款是无效的。

2. 公积金、社保缴纳的法律义务：

   • 根据相关法律法规，用人单位有义务为员工缴纳公积金和社保。
   • 如果用人单位未按规定缴纳公积金和社保，员工有权要求补缴，并可能通过法律途径追偿。

3. 协议条款的效力：

   • 如果裁员赔偿协议中的“不能追偿公积金、社保未缴纳部分”条款，试图剥夺员工依法享有的追偿权利，那么该条款是违法的，无效。
   • 员工在签署协议时，应当仔细阅读并理解协议内容，特别是涉及自身权益的条款。如果发现违法条款，应当拒绝签署，并寻求法律援助。

4. 法律建议：

   • 对于已经签署了含有此类条款的裁员赔偿协议的员工，如果认为自己的权益受到了侵害，可以咨询专业律师（即我），评估协议的合法性，并探讨可能的法律救济途径。
   • 对于用人单位而言，应当遵守相关法律法规，确保员工的公积金和社保得到妥善缴纳，避免在裁员赔偿协议中设置违法条款。

综上所述，裁员赔偿协议中写明不能追偿公积金、社保未缴纳部分的合法性取决于具体情况。如果条款违反了法律法规，那么它是无效的。员工在签署协议时应当谨慎，并在必要时寻求法律援助。