结论：公司规章制度规定加班工资按照低于员工实际工资（6000元）的5000元计算，这一做法通常是不合法的。
分析：
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
- （一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
- （二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
- （三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
- 这里的“工资”指的是劳动者在正常工作时间内应得的报酬，即员工的基本工资或合同约定的工资，而非公司单方面规定的较低数额。
加班工资的计算基数：
- 加班工资的计算基数应当是劳动者在正常工作时间内应得的工资，也就是员工实际工资6000元，而非公司规章制度中规定的5000元。
- 如果公司规章制度中规定的加班工资计算基数低于员工实际工资，且没有得到员工的明确同意或劳动合同中没有相关约定，那么这种规定是不合法的。
公司规章制度的合法性：
- 公司规章制度虽然是企业内部管理的重要依据，但其内容必须符合法律法规的规定，不得侵犯劳动者的合法权益。
- 如果公司规章制度中的加班工资计算规定与法律法规相抵触，那么该规定是无效的，劳动者有权要求公司按照法律法规的规定支付加班工资。
建议：
- 员工方面：如果员工发现公司规章制度中关于加班工资的计算规定不合法，可以向公司提出异议，并要求公司按照法律法规的规定支付加班工资。如果公司拒绝改正，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 公司方面：公司应当审查并修改其规章制度中关于加班工资的计算规定，确保其符合法律法规的要求。同时，公司应当加强与员工的沟通，明确加班工资的计算方式和标准，以避免不必要的劳动纠纷。
示例：
假设员工小李的月工资为6000元，公司规章制度规定加班工资按照5000元计算。如果小李在一个月内加班了10小时（假设为工作日延长工作时间），那么按照法律法规的规定，小李应得的加班工资为：\(6000元 \div 21.75天 \div 8小时 \times 10小时 \times 150\% = 517.24元\)（这里假设一个月按21.75天计算，每天8小时工作制）。而如果按照公司规章制度的规定计算，小李应得的加班工资则为：\(5000元 \div 21.75天 \div 8小时 \times 10小时 \times 150\% = 431.03元\)。显然，按照公司规章制度的规定计算出的加班工资低于法律法规规定的标准。
综上所述，公司规章制度规定加班工资按照低于员工实际工资的数额计算是不合法的。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。