您好，关于您提出的“入职两年后公司才缴纳公积金是否合法”的问题，我可以明确地告诉您，这种做法是不合法的。

根据国务院发布的《住房公积金管理条例》规定，单位在录用职工后，应当自录用之日起30日内向住房公积金管理中心办理缴存登记，并办理职工住房公积金账户的设立或者转移手续。这意味着，从您入职的那一刻起，公司就有义务为您缴纳住房公积金，而不是等到两年后才进行缴纳。

如果公司违反了这一规定，逾期不缴或者少缴住房公积金，住房公积金管理中心有权责令公司限期办理补缴手续。如果公司逾期不办理，还可能会面临1万元以上5万元以下的罚款。

此外，各地也有相关的政策规定来强化住房公积金的缴存管理。例如，《北京住房公积金管理条例》和《上海市住房公积金缴存管理办法》等，都明确规定了单位应当按时、足额缴存住房公积金，不得逾期缴存、少缴或者多缴。

因此，如果您发现公司存在未按时为您缴纳住房公积金的情况，您有权要求公司进行补缴。如果公司拒绝补缴或者您对公司补缴的金额有异议，您可以向当地的住房公积金管理中心进行投诉举报，以维护自己的合法权益。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他关于住房公积金的问题或者需要进一步的帮助，请随时告诉我。