结论：不干满三个月就要赔偿公司5000元的条款是否合法，需根据具体情况判断，若该条款属于服务期约定且公司提供了专项培训费用，同时5000元赔偿未超出公司实际损失，则可能合法；若该条款属于违约金约定且无法律依据，或赔偿金额超出公司实际损失，则不合法。以下为详细分析：
一、条款可能合法的情况：服务期约定
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十二条：“用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用”。
分析：
- 若公司为你提供了专项培训，并支付了相应的培训费用，且双方在劳动合同中明确约定了服务期（如干满三个月），以及违反服务期应支付的违约金数额（如5000元），且该违约金数额未超过公司实际支付的培训费用，也未超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用，则该条款可能合法。
二、条款可能不合法的情况：违约金约定无法律依据或赔偿金额超出实际损失
法律依据：
- 同样根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十二条，违约金的数额有明确限制，不得超过用人单位提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
- 此外，根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十五条：“除本法第二十二条和第二十三条规定的情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金”。即，除非涉及服务期或竞业限制，否则用人单位不得与劳动者约定违约金。
分析：
- 若公司未为你提供专项培训，或未支付相应的培训费用，却要求你在劳动合同中约定不干满三个月就要赔偿5000元的条款，则该条款可能因无法律依据而不合法。
- 即使公司为你提供了专项培训并支付了培训费用，但约定的赔偿金额（5000元）超过了公司实际支付的培训费用，或超过了服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用，则该条款也可能因赔偿金额过高而不合法。
三、建议
核实培训情况：
- 首先，你需要核实公司是否为你提供了专项培训，并支付了相应的培训费用。如果公司未提供专项培训或未支付培训费用，则该条款很可能不合法。
核对赔偿金额：
- 其次，你需要核对约定的赔偿金额（5000元）是否超过了公司实际支付的培训费用，或是否超过了服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。如果超过了，则该条款可能因赔偿金额过高而不合法。
咨询专业意见：
- 如果你对条款的合法性仍有疑问，或认为公司存在违法行为，建议直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。
保留证据：
- 在处理此类纠纷时，保留相关证据（如培训合同、培训费用支付凭证、劳动合同等）至关重要。这些证据将有助于你维护自己的合法权益。