结论：从法律规定来看，小店查出过期佐料，即便过期佐料价值不超过10元，罚款5000元是有可能合理的，但具体是否合理还需结合实际情况综合判断。
- 从法律规定角度分析
- 根据《中华人民共和国食品安全法》第三十四条的规定，禁止生产经营下列食品、食品添加剂、食品相关产品，其中就包括“标注虚假生产日期、保质期或者超过保质期的食品、食品添加剂”。小店使用过期佐料，明显违反了这一规定。
- 该法第一百二十四条规定，生产经营超过保质期的食品、食品添加剂，尚不构成犯罪的，由县级以上人民政府食品安全监督管理部门没收违法所得和违法生产经营的食品、食品添加剂，并可以没收用于违法生产经营的工具、设备、原料等物品；违法生产经营的食品、食品添加剂货值金额不足一万元的，并处五万元以上十万元以下罚款；货值金额一万元以上的，并处货值金额十倍以上二十倍以下罚款；情节严重的，吊销许可证。
- 不过，在实际执法中，对于一些情节轻微、社会危害性较小的违法行为，执法部门有自由裁量权。如果小店是初次违法，且过期佐料数量极少、未造成实际危害后果，积极配合调查并整改，根据《行政处罚法》中关于过罚相当、教育与处罚相结合的原则，执法部门可能会在法定幅度内从轻或者减轻处罚。但即便从轻处罚，罚款5000元也在法律规定的“五万元以上十万元以下罚款”这个幅度内相对较低的处罚情形了，所以从法律规定层面看是有合理性的。
- 从实际情况角度分析
- 从轻情节方面：如果小店能够提供充分的证据证明过期佐料是疏忽导致未及时清理，比如有完善的进货台账、定期检查记录等，且在检查后立即整改，主动销毁过期佐料，积极消除影响，那么罚款5000元可能相对较重。因为此时小店的违法情节较轻，社会危害性不大，按照过罚相当原则，罚款金额可以适当降低。
- 从重情节方面：如果小店存在多次使用过期佐料的情况，或者被查处时拒不配合调查，隐瞒过期佐料的数量和来源，甚至在之前已经因为类似违法行为受到过处罚，那么执法部门可能会认为其主观恶性较大，社会危害性较高，从而在法定幅度内选择较高的罚款金额，此时罚款5000元就相对较为合理。
如果小店对罚款5000元有异议，可以在收到行政处罚决定书之日起六十日内向作出处罚决定的行政机关的上一级行政机关申请行政复议，也可以在六个月内直接向人民法院提起行政诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。如果你还有其他关于此类法律问题的疑问，欢迎随时向我咨询。