在拒不支付劳动报酬的案件中，公安机关立案后已支付劳动报酬且检察院决定不起诉的情况下，行政处罚的适用需根据具体情况来分析。以下是从不同角度给出的详细解答：
行政处罚的法律依据：
- 根据《劳动保障监察条例》等相关法律法规，用人单位拒不支付劳动报酬的行为，若构成违法，劳动保障行政部门有权依法进行行政处罚。这通常包括罚款、责令改正等措施。
已支付劳动报酬且不起诉的情况：
- 在公安机关立案后，如果用人单位及时支付了拖欠的劳动报酬，并且检察院认为情节轻微、危害不大，决定不起诉，这并不意味着用人单位完全免除了法律责任。
- 劳动保障行政部门仍可能根据用人单位的违法行为情节、后果等因素，决定是否对其进行行政处罚。即使已支付劳动报酬，但如果用人单位在支付过程中存在拖延、隐瞒等恶意行为，或者拖欠劳动报酬的时间较长、金额较大，劳动保障行政部门仍可能对其处以罚款等行政处罚。
行政处罚的具体情形：
- 罚款：根据违法行为的情节和后果，劳动保障行政部门可以对用人单位处以一定金额的罚款。罚款的具体数额会根据相关法律法规的规定以及案件的具体情况来确定。
- 责令改正：劳动保障行政部门可以责令用人单位改正其违法行为，如及时支付劳动报酬、完善工资支付制度等。如果用人单位未按照要求改正，劳动保障行政部门可以进一步采取措施，如申请法院强制执行等。
行政处罚的考虑因素：
- 在决定是否对用人单位进行行政处罚时，劳动保障行政部门会综合考虑多种因素，包括用人单位的违法行为情节、后果、支付劳动报酬的及时性、是否配合调查等。
- 如果用人单位在案件处理过程中表现出积极的配合态度，及时支付劳动报酬并采取措施防止类似事件再次发生，劳动保障行政部门可能会酌情减轻或免除其行政处罚。
建议与注意事项：
- 对于用人单位而言，应严格遵守劳动法律法规，及时足额支付劳动报酬，避免发生拒不支付劳动报酬的违法行为。
- 如果已经发生违法行为，应积极配合劳动保障行政部门和公安机关的调查处理，及时支付劳动报酬并采取措施纠正违法行为，以减轻或避免行政处罚。
- 如果对行政处罚决定有异议，用人单位可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护自己的合法权益。
总结来说，在拒不支付劳动报酬的案件中，即使公安机关立案后已支付劳动报酬且检察院决定不起诉，用人单位仍可能面临劳动保障行政部门的行政处罚。具体处罚措施会根据违法行为的情节、后果以及用人单位的配合态度等因素来确定。因此，用人单位应严格遵守劳动法律法规，及时足额支付劳动报酬，以避免不必要的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。