可以申请劳动仲裁，但需分情况讨论具体责任主体与赔偿范围。以下从不同法律关系角度展开分析：
1. 若与两家公司均构成劳动关系
- 法律关系认定：根据《关于确立劳动关系有关事项的通知》，若同时满足以下条件，可能被认定为与两家公司均存在劳动关系：
- 两家公司均实际接受劳动者的劳动成果；
- 劳动者受两家公司管理（如考勤、工作安排）；
- 劳动者提供的劳动是两家公司业务的组成部分。
- 仲裁与赔偿：
- 责任主体：两家公司可能需对劳动者承担连带责任（如未签合同双倍工资、加班费、经济补偿等），但需以实际用工关系为前提。
- 举证关键：劳动者需提供工资支付记录、工作证、考勤记录、工作邮件等证据，证明两家公司均实际用工。
- 风险提示：若社保由其中一家公司缴纳，但实际劳动关系在另一家，可能涉及社保缴纳主体与用工主体不一致的问题，需通过仲裁或诉讼明确责任。
2. 若仅与一家公司构成劳动关系，另一家为劳务关系
- 法律关系认定：
- 劳动关系：符合《劳动合同法》规定的全日制用工特征（如服从管理、提供长期劳动）。
- 劳务关系：通常为临时性、一次性工作，双方地位平等，不受劳动法强制保护（如无加班费、经济补偿等）。
- 仲裁与赔偿：
- 劳动关系方：需承担劳动法规定的全部义务（如社保、工资、补偿等）。
- 劳务关系方：仅需按约定支付劳务报酬，一般不涉及劳动仲裁（纠纷可通过民事诉讼解决）。
- 举证关键：劳动者需明确区分两家公司的工作性质（如劳动合同、工作时长、管理方式等）。
3. 社保缴纳与劳动纠纷的关联性
- 社保缴纳主体≠劳动关系主体：即使社保由A公司缴纳，若实际用工在B公司，劳动者仍可向B公司主张权利（如工资、补偿等），但需通过仲裁或诉讼确认劳动关系。
- 社保纠纷处理：若因社保缴纳问题产生争议（如未缴、少缴），需先向社保部门投诉，由社保部门责令补缴；若涉及社保待遇损失（如工伤无法报销），可申请劳动仲裁要求赔偿。
4. 实务建议
- 固定证据：保存与两家公司的工作记录（如合同、工资条、考勤、沟通记录等），以证明实际用工关系。
- 明确诉求：根据纠纷类型（如工资、补偿、社保）选择对应的法律途径（劳动仲裁或民事诉讼）。
- 及时行动：劳动争议申请仲裁的时效为1年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算，逾期可能丧失胜诉权。
总结：您的情况可能涉及双重劳动关系或混合法律关系，需结合具体证据确定责任主体。建议先梳理与两家公司的工作细节，再针对性主张权利。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。