公司跨年扣个税在符合税法规定的情况下是合法的。以下是对这一问题的详细分析：
合法性依据
税法规定：个人所得税的扣缴是依据国家税收法律法规进行的。根据《中华人民共和国个人所得税法》及相关实施条例，扣缴义务人（通常是雇主）有义务按照税法规定，从纳税人的收入中扣缴个人所得税，并在规定时间内上缴税务机关。这一规定并不限制扣缴的时间必须在当年内完成，只要符合税法规定的申报和缴纳期限，跨年扣个税并不违反法律规定。
申报缴纳期限：个人所得税的申报和缴纳通常有一定的期限要求。例如，对于工资薪金所得，扣缴义务人一般需要在次月十五日内向税务机关报送扣缴税款报告表，并缴纳税款。如果由于特殊原因（如财务结算、系统升级等）导致扣缴时间延迟至跨年，但只要在税法规定的期限内完成申报和缴纳，就不构成违法。
特殊情况分析
补扣个税：在某些情况下，如果雇主在当年未能及时扣缴个人所得税，或者发现之前扣缴的税款存在错误，可能会在次年进行补扣。这种补扣行为，只要符合税法规定，并经过税务机关的认可，就是合法的。
延迟扣缴的合法性：如果雇主因为合理的商业原因或不可抗力因素（如自然灾害、系统故障等）导致延迟扣缴个人所得税，且能够及时向税务机关说明情况并补缴税款，通常也不会被视为违法。但雇主应尽量避免这种情况的发生，以免给员工带来不必要的困扰和税务风险。
注意事项
合规性：雇主在扣缴个人所得税时，应严格遵守税法规定，确保扣缴的税款准确无误，并及时向税务机关申报和缴纳。任何违反税法规定的行为都可能面临税务机关的处罚。
员工沟通：如果雇主需要跨年扣个税或进行补扣，应及时与员工进行沟通，解释原因和具体情况，以避免引起员工的误解和不满。
税务风险：雇主应关注税务政策的变化和税务机关的要求，及时调整扣缴策略，以降低税务风险。
总结来说，公司跨年扣个税在符合税法规定的情况下是合法的。但雇主应确保扣缴行为的合规性，及时与员工沟通，并关注税务政策的变化以降低税务风险。如果您在个税扣缴方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。