公司扣除过年期间的工资是否合法，需根据具体情况来判断。以下是对不同情况下公司扣工资行为合法性的详细分析：
法定节假日（农历正月初一、初二、初三）：
- 根据《全国年节及纪念日放假办法》和《劳动法》第五十一条，劳动者在法定休假日有权带薪休假。这意味着，在春节的这三天法定节假日里，公司扣除工资是不合法的。劳动者应享有与正常出勤相同的工资待遇。
调休的休息日：
- 春节假期通常会通过调休形成连续假期。对于调休的休息日，如果劳动者正常休息，公司不应扣工资。因为调休本质上仍属于休息日，劳动者享有休息权利且工资待遇不受影响。若公司无故扣除调休休息日的工资，也是不合法的。
劳动者出勤情况：
- 请假情况：如果劳动者在过年期间请假，且请假类型为事假，公司按照规章制度扣除相应的事假工资是合法的。但如果是病假，公司应按照不低于当地最低工资标准的一定比例支付病假工资，全额扣发则不合法。请假期间工资的扣除应依据公司的规章制度和劳动法的相关规定进行，不能随意乱扣。
- 旷工情况：若劳动者未经允许在过年期间擅自不来上班，公司按照旷工处理并扣发相应工资通常是合法的。但公司的规章制度应合理，扣发工资的标准也应符合法律规定和公平原则。公司不能随意设定旷工扣工资的标准，必须遵循相关法律法规。
特殊情况下的工资支付：
- 如遇不可抗力因素（如自然灾害、政府强制要求停工等）导致公司无法正常生产经营，公司与员工协商一致后可以调整工资支付标准。但未经协商擅自扣工资则不合法。在这种情况下，公司应与员工充分沟通，共同应对困难。
若公司扣工资行为不合法，劳动者可以采取以下措施维护自己的权益：
- 与公司沟通协商：首先尝试与公司进行友好沟通，明确指出法律规定，要求公司补发被克扣的工资。这是最直接、最有效的方式，可以避免不必要的法律纠纷。
- 向劳动监察部门投诉：若协商不成，劳动者可向当地劳动监察大队投诉。劳动监察部门有权对用人单位的工资支付情况进行监督检查，并责令其改正违法行为。这是劳动者维护自己权益的重要途径之一。
- 申请劳动仲裁：劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过仲裁程序要求公司支付克扣的工资，并可主张相应的赔偿金。对仲裁结果不服的，劳动者还有权向人民法院提起诉讼，进一步维护自己的合法权益。
总之，过年期间公司扣工资是否合法取决于具体情况。劳动者应了解自己的合法权益，并在遇到问题时积极采取措施进行维权。同时，公司也应遵守相关法律法规，确保劳动者的合法权益不受侵害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。