结论：公司从2500元收入中扣除个税是否合法，需结合具体扣除金额、税率及个税起征点综合判断。若扣除后实际到手工资低于法定标准或公司未依法代扣代缴，则可能不合法。

1. 个税起征点与税率基础

根据现行《个人所得税法》，居民个人综合所得（工资、薪金）的起征点为每月5000元。若月收入2500元未达到起征点，公司本不应扣税。但需注意：

• 特殊情况：若2500元为扣除社保、公积金后的收入，或存在其他专项附加扣除（如子女教育、赡养老人等），可能导致应纳税所得额为负，此时公司扣税违法。
• 税率适用：若收入超过起征点（如包含奖金、补贴等合并计税），需按超额累进税率计算。例如：
  • 应纳税所得额 = 收入 - 5000元起征点 - 专项扣除（社保、公积金等） - 专项附加扣除
  • 若计算后应纳税所得额为正，则按3%-45%税率扣税；若为负，则无需扣税。

示例：
假设月收入2500元，无专项扣除及附加扣除，应纳税所得额 = 2500 - 5000 = -2500元（无需扣税）。若公司扣税，则违法。

2. 公司代扣代缴的合法性

公司作为扣缴义务人，需依法履行以下义务：

• 准确计算税款：根据员工实际收入、扣除项目及税率表计算应扣税额。
• 及时申报缴纳：扣缴的税款需在次月15日内向税务机关申报缴纳。
• 提供凭证：员工有权要求公司提供完税证明或扣缴记录。

若公司存在以下行为，则违法：

• 未按实际收入计算税款（如虚构扣除项目）；
• 未将扣缴税款上缴税务机关；
• 拒绝提供扣缴凭证或完税证明。

3. 员工维权途径

若怀疑公司违法扣税，可采取以下步骤：

1. 核对收入明细：要求公司提供工资条，明确收入构成、扣除项目及金额。
2. 计算应纳税额：根据《个人所得税税率表》自行计算，或通过“个人所得税”APP查询。
3. 投诉举报：向当地税务机关举报（如12366热线），提供扣税证据（工资条、银行流水等）。
4. 申请劳动仲裁：若因违法扣税导致实际收入低于最低工资标准，可申请仲裁要求补发工资及赔偿。

4. 特殊情形提示

• 非居民个人：若为外籍人士或港澳台居民，可能适用不同税率表，需单独确认。
• 临时用工：若为非全日制员工，收入可能按“劳务报酬”计税，起征点为每次800元（月收入2500元可能需扣税）。
• 年终奖计税：若2500元为年终奖，需按“全年一次性奖金”单独计税，可能涉及更低税率。

建议：
若对扣税金额有疑问，可直接向我提供工资条、社保缴纳记录等材料，我将协助计算应纳税额并分析公司行为是否合法。