结论：公司从员工工资中扣除13%的税是否合法，不能一概而论，这主要取决于扣除的具体税种以及员工的实际收入情况。

分析：

1. 个人所得税的扣除：

   • 根据我国《个人所得税法》的规定，员工工资、薪金所得需要缴纳个人所得税。个人所得税的税率并非固定为13%，而是根据员工的收入水平，采用超额累进税率进行计算。税率范围从3%至45%不等，具体税率取决于应纳税所得额。
   • 计算公式：应纳税所得额 = 工资薪金所得 - 免征额（目前为5000元/月） - 专项扣除（如社保、公积金等） - 专项附加扣除（如子女教育、继续教育、大病医疗等） - 其他依法确定的扣除项目。应纳税额 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数。
   • 因此，如果公司扣除的13%是个人所得税，且这一比例是根据员工的实际应纳税所得额和适用税率计算得出的，那么这种扣除是合法的。但如果公司未经计算，直接按工资总额的13%扣除个人所得税，则可能不合法，因为这可能不符合个人所得税的超额累进税率原则。

2. 其他税费的扣除：

   • 除了个人所得税外，公司还可能根据法律法规或合同约定，扣除其他税费或费用，如社保、公积金等。但这些扣除通常有明确的比例或限额，且不会以“税”的名义直接扣除13%。
   • 如果公司扣除的13%并非个人所得税，而是其他未经员工同意或未明确告知的税费或费用，那么这种扣除很可能是不合法的。

3. 合法扣除的前提：

   • 无论是扣除个人所得税还是其他税费或费用，公司都必须遵守相关法律法规的规定，确保扣除的比例、限额和程序等均合法合规。
   • 同时，公司还应向员工明确告知扣除的项目、比例和金额等信息，保障员工的知情权。

建议：

• 如果您对公司的工资扣除情况有疑问，首先可以要求公司出具详细的工资条或扣除明细，了解扣除的具体项目和金额。
• 如果您认为公司的扣除行为不合法或存在争议，可以向当地的劳动监察部门或税务部门投诉举报，寻求相关部门的帮助和支持。
• 在处理此类问题时，建议您保留好相关证据材料，如工资条、劳动合同等，以便在需要时维护自己的合法权益。

后续行动：

• 如果您需要进一步的法律帮助或咨询，可以直接向我提问，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和建议。