结论：公司用商品抵扣13薪（即年终奖金）的做法，在大多数情况下是不合法的。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律法规依据：

   • 《中华人民共和国劳动法》第五十条：明确规定工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。年终奖金作为工资的一部分，同样应当以货币形式支付。
   • 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：要求用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这包括年终奖金等各项报酬。
   • 《工资支付暂行规定》第五条：再次强调工资应当以法定货币支付，不得以实物及有价证券替代货币支付。这一规定同样适用于年终奖金的支付。

2. 违法后果：

   • 如果公司擅自使用商品抵扣年终奖金，将违反上述法律法规的规定，并可能面临法律责任。劳动者有权依法向当地人民法院申请支付令，要求公司支付应得的年终奖金。
   • 同时，劳动者可以向劳动监察部门进行举报，由劳动行政部门对公司进行监督检查，并责令其限期支付劳动报酬。逾期不支付的，公司还需按照应付金额的50%以上至1倍以下的标准，向劳动者加付赔偿金。

3. 特殊情况：

   • 尽管一般情况下公司用商品抵扣年终奖金是不合法的，但也存在特殊情况。即，如果双方在劳动合同中有明确且合法的约定，可以用商品抵扣年终奖金，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种方式在一定程度上是合法的。
   • 然而，这种约定必须满足以下条件：双方协商一致，且劳动者自愿同意接受以商品抵年终奖金；对商品的种类、数量、价格等都有明确且公平的约定；该约定不违反法律法规的强制性规定和公序良俗。

4. 建议与行动：

   • 劳动者在遇到公司用商品抵扣年终奖金的情况时，应首先查看自己的劳动合同，确认是否有相关约定。如果没有约定或约定不明确，劳动者有权拒绝接受商品抵扣，并要求公司以货币形式支付年终奖金。
   • 如果公司坚持用商品抵扣年终奖金，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，劳动者应提供相关证据，如劳动合同、工资条、公司通知等，以证明公司存在违法行为。

总结：公司用商品抵扣年终奖金的做法在大多数情况下是不合法的。劳动者应了解自己的权益，并在遇到此类情况时通过法律途径维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。