结论：公司自用商品能否抵税以及是否合法，这主要取决于商品的性质、用途以及相关的税法规定。一般来说，如果商品是用于公司的生产经营活动，且符合税法规定的抵税条件，那么是可以进行抵税的，并且是合法的。但如果商品并非用于生产经营，或者不符合抵税条件，那么进行抵税则可能不合法。
分析：
抵税条件：
- 根据税法规定，公司购买的商品如果用于生产经营活动，如作为原材料、设备或办公用品等，且这些商品能够直接或间接地为公司带来经济利益，那么通常可以将其成本计入公司的经营成本，从而在计算应纳税所得额时进行抵扣。
- 具体来说，如果商品是增值税应税项目，且公司取得了合法的增值税专用发票，那么公司可以按照发票上注明的税额进行抵扣。
合法性判断：
- 合法情况：如果公司自用的商品确实用于生产经营活动，且符合税法规定的抵税条件，那么公司进行抵税是合法的。例如，公司购买了一台生产设备用于生产产品，这台设备的成本就可以计入公司的经营成本，并在计算应纳税所得额时进行抵扣。
- 非法情况：如果公司自用的商品并非用于生产经营活动，或者虽然用于生产经营活动但不符合抵税条件（如未取得合法发票、商品不属于增值税应税项目等），那么公司进行抵税则可能构成偷税漏税行为，是违法的。例如，公司购买了一辆私家车供员工个人使用，却试图将其成本计入公司经营成本进行抵税，这就是不合法的。
实际操作建议：
- 公司在进行抵税操作时，应确保所购买的商品确实用于生产经营活动，并符合税法规定的抵税条件。
- 公司应妥善保管相关发票和凭证，以备税务机关查验。
- 如果公司对抵税操作存在疑问或不确定，应及时咨询专业税务人员或律师，以确保操作的合法性和准确性。
法律后果：
- 如果公司非法进行抵税操作，可能面临税务机关的处罚，包括补缴税款、加收滞纳金、罚款等。
- 在严重情况下，公司及其相关责任人员还可能面临刑事责任追究。
总结与建议：
公司自用商品能否抵税以及是否合法，需要根据商品的性质、用途以及相关的税法规定进行综合判断。公司在进行抵税操作时，应确保操作的合法性和准确性，避免不必要的法律风险。如果您对公司自用商品的抵税问题存在疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。