公司车辆抵扣员工工资是不合法的。以下从多个角度为你详细分析：
一、法律性质分析
公司行为的定性：
- 公司使用其车辆抵扣员工工资，这一行为在法律上缺乏明确的依据。工资是员工提供劳动后应得的报酬，公司应当以货币形式支付，而非以物抵债。
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。因此，公司以车辆抵扣工资的行为违反了这一规定。
员工权益的保障：
- 员工有权获得其应得的工资报酬，这是其劳动权益的基本体现。公司以车辆抵扣工资，实际上剥夺了员工获得货币报酬的权利，侵犯了员工的合法权益。
二、解决纠纷的合法途径
与公司协商：
- 员工可以首先尝试与公司进行协商，指出公司以车辆抵扣工资的行为是不合法的，并要求公司以货币形式支付工资。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，员工可以携带相关证据材料（如劳动合同、工资条、考勤记录等）向当地劳动监察大队投诉。劳动监察部门有权对公司进行调查，并要求公司改正违法行为。
申请劳动仲裁：
- 若投诉仍未解决问题，员工可以在劳动争议发生之日起一年内向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁委员会将依法进行裁决，并要求公司支付员工应得的工资。
提起诉讼：
- 对仲裁结果不满意时，员工可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。法院将依法审理案件，并作出公正判决。
三、公司可能面临的法律后果
- 如果公司坚持以车辆抵扣工资，不仅无法解决工资支付问题，还可能面临法律责任。劳动监察部门有权对公司进行处罚，包括罚款、责令改正等。
- 在极端情况下，如果公司行为构成恶意拖欠工资，还可能触犯刑法中的拒不支付劳动报酬罪，面临更严重的法律后果。
四、员工应注意的事项
- 员工在维护自身权益时，应保持冷静和理性，避免采取过激行为。私自扣押公司车辆等极端措施不仅无法解决问题，还可能使自己陷入法律纠纷。
- 员工应妥善保管好与工资支付相关的证据材料，以便在需要时提供证明。
综上所述，公司车辆抵扣员工工资是不合法的行为。员工在遇到此类问题时，应通过合法的途径来维护自己的权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。