结论：公司没按公司文件支付工资，劳动者可以申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
一、法律依据
《中华人民共和国劳动法》第五十条：明确规定了工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。公司未按公司文件（若该文件合法且构成劳动合同的一部分或公司规章制度）或未按时支付工资，即违反了这一规定。
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条：明确指出因劳动报酬发生的争议属于劳动仲裁的受理范围。因此，公司未按约定支付工资的情况，完全符合劳动仲裁的申请条件。
二、申请条件与流程
劳动者在申请劳动仲裁时，需满足以下条件，并遵循相应流程：
申请条件：
- 申请人与本案有直接利害关系，即必须是劳动争议的一方当事人（劳动者）。
- 有明确的被申请人，即劳动者所在的用人单位。
- 提出具体的仲裁请求，如要求支付拖欠的工资及可能的赔偿金。
- 阐述清楚事实、理由，包括劳动关系的存在、公司未按约定支付工资的具体情况等。
- 争议需属于劳动争议仲裁委员会的受理范围。
申请流程：
- 准备材料：包括仲裁申请书（详细写明申请人和被申请人的基本信息、仲裁请求、事实和理由）、证据材料（如劳动合同、公司文件、工资条、银行流水等证明劳动关系和工资支付情况的证据）、身份证明（申请人身份证原件及复印件，被申请人（用人单位）的工商登记信息资料）。
- 提交申请：向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会递交准备好的材料。
- 仲裁受理：仲裁委员会在收到申请后5日内进行审查，符合受理条件的，予以受理并通知申请人；不符合条件的，书面通知不予受理并说明理由。
- 仲裁审理：仲裁庭在确定开庭日期、地点后，书面通知双方当事人。开庭过程中，双方进行陈述、举证、质证和辩论。仲裁庭会尝试组织调解，若达成调解协议，则制作调解书；调解不成，则继续审理。
- 仲裁裁决：仲裁庭在受理仲裁申请之日起45日内作出裁决。案情复杂需要延期的，经劳动争议仲裁委员会主任批准，可延期但延长期限不得超过15日。裁决书送达双方当事人。若劳动者对裁决结果不满意，可在收到裁决书之日起15日内向人民法院提起诉讼。
三、注意事项与可能后果
注意事项：
- 劳动者应及时主张权益，避免超过仲裁时效。根据法律规定，劳动争议申请仲裁的时效期间通常为一年，但从劳动关系终止之日起计算则不受此限制，应在劳动关系终止之日起一年内提出。
- 在整个维权过程中，务必妥善保管所有与薪资相关的证据材料，以确保个人合法权益得到有效维护。
可能后果：
- 如果仲裁裁决支持劳动者的请求，公司需按照裁决结果支付拖欠的工资及可能的赔偿金。
- 如果公司拒不执行仲裁裁决，劳动者可以向人民法院申请强制执行。
- 如果公司存在恶意拖欠工资等违法行为，还可能面临劳动保障行政部门的处罚，如责令限期支付工资报酬、加付赔偿金等。
建议：如果你遇到了公司没按公司文件支付工资的情况，不要犹豫，及时准备相关证据材料，按照上述流程申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。如果你在准备材料或申请过程中遇到任何问题，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。