结论前置：协商解除劳动合同后，若公司未按约定支付工资，劳动者可以申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条的规定，因解除和终止劳动合同发生的争议，以及因劳动报酬等发生的争议，均属于可仲裁的范围。因此，即使双方已经协商解除了劳动合同，如果公司未按约定支付工资，劳动者仍有权依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
二、可申请仲裁的具体情形
公司未支付协商约定的工资：
- 如果双方在协商解除劳动合同的协议中明确约定了工资的数额及支付方式，但公司未按约定支付，劳动者可以就此申请仲裁。
- 例如，双方约定公司需支付劳动者一个月的工资作为解除劳动合同的补偿，但公司拒绝支付，劳动者即可申请仲裁要求支付。
公司存在欺诈、胁迫等情形：
- 如果公司在与劳动者协商解除劳动合同的过程中存在欺诈、胁迫等手段，导致劳动者在违背真实意思的情况下签订了协议，劳动者可以主张该协议无效，并申请仲裁要求撤销协议，同时要求公司支付应得的工资。
- 例如，公司以不支付工资为要挟，迫使劳动者签订了解除劳动合同的协议，劳动者有权申请仲裁撤销该协议，并要求公司支付工资。
协议内容显失公平：
- 如果协商解除劳动合同的协议内容对劳动者明显不公平，如工资支付远低于劳动者应得的标准，劳动者也可以申请仲裁要求调整。
- 例如，按照法律规定或双方之前的约定，劳动者应获得一定数额的工资，但协议中仅约定支付极低的工资，劳动者可以申请仲裁要求补足差额。
三、申请仲裁的注意事项
时效问题：
- 劳动者应在知道或应当知道自己的权益受到侵害之日起一年内提出仲裁申请，否则可能因超过仲裁时效而丧失胜诉权。
证据收集：
- 在申请仲裁前，劳动者应尽可能收集与争议相关的证据，如协商解除劳动合同的协议、工资支付记录、工作证、考勤记录等，以便在仲裁过程中证明自己的主张。
选择正确的仲裁机构：
- 劳动者应向劳动合同履行地或公司所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
四、实际操作建议
- 及时沟通：在发现公司未按约定支付工资后，劳动者应首先与公司进行沟通，尝试通过协商解决问题。
- 准备充分：如果沟通无果，劳动者在申请仲裁前应准备充分的证据，以支持自己的主张。
- 寻求法律帮助：在仲裁过程中，劳动者可以寻求法律帮助，以确保自己的权益得到充分维护。
举例说明：假设劳动者小李与公司协商解除了劳动合同，并约定公司应支付小李一个月的工资作为补偿。然而，在协议签订后，公司却拒绝支付这笔工资。此时，小李可以在知道权益受到侵害之日起一年内，向劳动合同履行地或公司所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付应得的工资。
综上所述，协商解除劳动合同后，若公司未按约定支付工资，劳动者有权申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在申请仲裁时，劳动者应注意时效问题、证据收集以及选择正确的仲裁机构等事项。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。